Yves Savoye-Peysson

- (1er mai 2020) Bon 1er Mai à toutes celles et ceux qui suivent suivent mes calculs ici !

- (1er mai 2020) Un article très prédagogique sur la phli-génétique et les chemins de contagion. Fascinant. Merci pour le lien !

- (1er mai 2020) Le bilan complet du COVID-19 par Santé Publique France en date du 30 avril. (Source).

- (1er mai 2020) Voir le déroulement de l'épidémie avec la temps et la capacité de prédiction, c'est la force d'une petite vidéo. Ici le cas de la France jusqu'à hier soir. On observe bien les grandes fluctuations des prédictions au début de l'épidémie, conséquence des informations fluctuantes d'un jour à l'autre. Au début, la dynamique est dominée par le temps rapide (effet d'avalanche car R0 élevé) qui conduit à l'immunité collective rapidement si rien n'est fait, avec un grand nombre de décès. L'effet du confinement est fort rapidement sur une estimation grossière du jour d'apparition du pic épidémique (ici indiqué en rose vers le 8 avril). Mais l'impact reste faible sur les autres quantités. Puis arrive le pic, et la situation se fige, car la dynamique épidémique est dominée par le temps long (R0 faible). Tous les paramètres deviennent très stables, et les projections sont donc bien meilleures mais pour la fin de l'épidémie comme celle-ci est encore encore très lointaine, l'incertitude reste élevée. A noter que le pic correspond bien au passage R0 = 1. Enfin, on peut voir le passage de la fin du confinement au 11 mai 2020. A noter que la dynamique change notablement avec le taux de létalité, mais pas les valeurs limites, et ceci pour les mêmes données ajustées. ! Cela montre l'absence d'unicité des paramètres pour décrire une même série temporelle bruitée. Enfin, il est important de rappeler que les systèmes dynamiques ayant deux temps spécifiques bien séparés ont une faible capacité prédictive à long terme tant que le temps long ne domine pas la dynamique rapide, si les données que l'on cherche à comprendre sont bruitées. C'est un phénomène qui n'est pas spécifique à une épidémie, et on le retrouve en météo, en physique des plasmas etc... Plus le modèle à de paramètres pour ajuster les données, moins il a de chances d'être prédictif dans ces conditions. C'est pour cela qu'un modèle simple a été choisi.

- (1er mai 2020) Un peu de détente, cela fait du bien.

Edouard Philippe est vraiment un artiste !

- (1er mai 2020) Une petite leçon d'économie

- (2 mai 2020) Le confinement tire peu à peu à sa fin théorique, et les derniers jours sont les plus longs. Alors pour patienter, quelques belles images qu'un ami m'a envoyé ce matin pour compenser la déprime surtout pour un week-end du 1er Mai et l'arrivée prochaine pour 4/5 jours de conditions presque estivales !

- (2 mai 2020) COVID-19 et économie. La France lanterne rouge de l'Europe et presque du monde... ! L'inculture économique de nos gouvernants (qui reflète celle des français d'ailleurs), la place très largement excessive de l'état dans notre vie vont amener peut-être à la faveur de la grave perturbation induite par le COVID-19 à se libérer de l'emprise d'une entité qui maintenant dessert largement les français.

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- (3 mai 2020) Le lien vers les données Suisse. Merci pour les data concernant les personnes en soins intensifs. L'accord entre modèle et observations est remarquable, malgré quelques inévitables écards. Et aucun paramètre n'a été changé depuis plus de deux semaines.

- (3 mai 2020) Toutes les simulations sont en lignes et les vidéos associées aussi. Très bon accord entre le modèle et sa capacité de projection, et les obserations quand le pic épidémique forcé est passé. Une observation quand à la prédiction du pic forcé par un confinement : dans la phase initiale, l'épidémie évolue vers l'immunité collective. Vu le R0 de 3 environ du SARS-CoV-2, on atteint le pic de l'immunité collective très vite. Dès que les mesures de confinement sont mises en place, on voit augmenter la date de ce pic, et c'est le premier effet du confinement, car la courbe s'incurve imperceptiblement. Puis de jour en jour, le pic augmente. On ne sait pas encore quand le pic va arriver, mais on sait qu'il va arriver ! C'est déjà un bon signal. Puis, un jour donné, la date estimée de ce pic plonge. Cela signifie que l'on est sur le pic ou dans son très proche voisinage. Et rapidement, cette date se stabilise définitivement. On observe cette dynamique pour tous les pays étudiés. A noter qu'en l'absence de confinement strict, ce pic est très atténué, voir inexistant (cas de la Suède ou de l'Allemagne notamment), et on constate alors une convergence lente vers le pic épidémique.

- (3 mai 2020) Les simulations pour le Québec sont les plus difficiles. Surprise ? Non ! Car les données initiales (les corrélations croisées entre les données fournies, voir la figure correspondante) sont très étranges. On peut suspecter soit des erreurs de comptage, soit un mélange de données qui ne sont pas cohérentes entre elles. Pas de miracle, cela se reflète sur les simulations ! Le Québec a-t-il atteint son pic épidémique ? Il est franchement très difficile de conclure sérieusement, sans introduire un biais dans les analyses sans une sérieuse justification. J'aurai tendance à dire non, car on observe un beau plateau du nombres de personnes en soins intensifs. A suivre de près !

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- (4 mai 2020) La saisonnalité du SARS-CoV-2 est un sujet à débat important. Le Pr. Raoult de l'IHU de Marseille défend l'idée qu'il ne sera plus contagieux dès le printemps, comme pour son prédéceseur le SARS-CoV-1 apparu en 2003. C'est possible, mais il n'y aucun fondement à ce propos, basé sur une simple analogie qualitative, d'autant que l'épidémie se propage actuellement activement dans des régions chaudes (sèches et humides). Néanmoins, on peut s'interroger sur l'impact d'une réduction rapide de la contagiosité. En réduisant le R0 d'un facteur x4, on constate sur les courbes ci-dessous que ce sera bien visible sur le nombre journalier de décès, qui diminueront plus vite, ce qui est normal. En revanche, l'impact sera nul sur le nombre total de décès, car on est déjà proche du plateau par le confinement. L'avantage principal sera l'impossibilité d'une seconde vague pendant la période estivale. A noter Oui, dans l’exemple pris, la fin de l’épidémie est le 30 juin. Si l’épidémie traine donc, cet été ce sera un signe de l’absence de forte saisonnalité du virus.

- (4 mai 2020) Un articleintéressant dans la façon de présenter les choses. Merci pour le lien

- (4 mai 2020) On peut récupérer du COVID-19 à tout âge ! la preuve ici

- (4 mai 2020) Une étude récente en Allemagne menée à Gangelt, un des principaux foyers, suite à un carnaval organisé par des personnes contaminées, a montré que 20% des personnes ayant été contaminées sont totalement asymptomatiques, mais contaminantes. Chose intéressante, les chercheurs arrivent à la conclusion que le taux de létalité est de 0.4% environ, sur un échantillon de 919 personnes (proche du cas du paquebot du Diamond-Princess). En partant du nombre de décès observés en Allemagne, ils en déduisent que le nombre de personnes contaminées est de 1.8 millions. Les calculs du modèle ici présent, pour l'Allemagne, ont été effectués avec un taux de létalité extrêmement bas, de 0.1%. Si l'on augmente le taux de létalité à 0.4%, les résultats sur les figures donnent 1.75 millions de personnes contaminées. Excellent accord, mais la méthode est la même. Cela montre aussi que le taux de létalité ne sert qu'à obtenir des valeurs quantitatives pour les personnes infectées, et la fracton de la population qui est immunisée. La dynamique temporelle est indépendante de la valeur absolue du taux de létalité.

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- (5 mai 2020) Une article sur l'épidémie aux Etats-Unis, qui semblent s'attendre à une seconde vague imminente, résultant du relachement prématuré du confinement. Pour l'instant ce n'est pas le cas, mais on pourrra suivre la tendance avec ce pays dont la gestion du COVID-19 est atypique. A noter que le code prédit entre 100,000 et 130,000 décès actuellement. Une chose importante à noter: le modèle étant global, il ne prend pas en compte spécifiquement l'amélioration à New York par exemple. Le poids de New York dans l'épidémie s'efface jour après jour par rapport aux autres états, où le confinement est appliqué avec peu de force et où l'épidémie continue donc à se propager.

- (5 mai 2020) La question du R0 pour le COVID-19 est sur toutes les lèvres, mais le paramètre clé de cette quantité est le temps de contamination, qui peut être globalement assimilé au temps d'incubation, car on peut être asymptomatique et contaminant, ce qui est une des dificultés du COVID-19. A partir de l'évolution temporelle initiale du nombre de décès, qui donne un temps de doublement des décès de 2.6 jours environ (avec un large ecart-type), un R0 moyen de 2.1 est calculé pour un temps d'incubation de 6.4 jours, sur la base des travaux concernant Wuhan ( article). Depuis, le temps d'incubation a évolué, et une bonne synthèse est fournie ici. On arrive à un temps moyen d'incubation de 5.2 jours, mais avec des écarts considérables pouvant aller jusqu'à 24 jours. Dans ces conditions, quelle valeur prendre ? On prendra à l'avenir la valeur de Wuhan, 6.4 jours qui semble être dans la moyenne, sachant que la valeur exacte du R0, certes importante, n'est pas critique. Ce qui compte, c'est le taux de contamination journalier, qui lui est directement obtenu du taux de croissance et est universel. Pour un temps de doublement journalier, qc0 vaut alors 1. Dans les faits, il oscille entre 0.4 et 1.0, et sa valeur moyenne est proche de 0.3.

- (5 mai 2020) Cliquez ici pour comparer les taux de reproduction (R0) déduits des simulations au jour d'aujourd'hui entre les pays étudiés. Il intègre la dynamique complète de l'épidémie dans le pays concerné jusqu'à aujourd'hui, et reflète la situation épidémique du pays. Pour rappel, R0 supérieur à un --> l'épidémie se développe, R0 inférieur à un --> l'épidémie reflue. Plus R0 est proche de zéro, plus le pays se rapprochera rapidement de la fin de l'épidémie. Ce fichier sera mis à jour quotidiennement et accessible depuis les analyses statistiques.

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- (6 mai 2020) L'épidémie COVID-19 expliquée ici en moins de trois minutes !! Une belle aventure d'une startup de Meylan. Merci pour le lien !

- (6 mai 2020) Après le flop de la Chloroquine et de ses dérivés, il semblerait qu'un médicament administré pour la schizophrénie, le Chlorpromazine, ait des des propriétés antivirales efficaces contre le SARS-Cov-2. Une étude sérieuse est en cours.

- (6 mai 2020) Cliquez ici pour comparer les taux de reproduction (R0) déduits des simulations au jour d'aujourd'hui entre les pays étudiés. Le R0 des Etats-Unis augmente, ce qui n'est pas bon signe

- (6 mai 2020) Un regard très intéressant d'un médecin, Bernard Ivanoff, Dr. d’Etat en Pharmacie, Biologiste, M.Sc, Dipl. Institut Pasteur Paris sur l'épidémie COVID-19. Des observations très instructives aussi sur les épidémies (Ebola notamment). La contagion est un processus complexe ! Merci pour le document !

- (6 mai 2020) Le bilan épidémique dans les Bouches-du-Rhône, avec le décompte quotidien des nouveaux cas assuré par l'Agence Régionale de Santé (ARS). Merci pour le lien !

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- (7 mai 2020) Le 8 avril dernier, le premier ministre du Québec avait annoncé que le pic épidémique serait passé le 18 avril. J'ai alors émis de forte réserves, basées sur l'analogie entre la dynamique du Québec et celle de l'Allemagne et annoncé que le pic serait bien plus tard, vers le 28 avril... On est le 7 mai, et le pic vient à peine d'être atteint. Ce qui montre la pertinence des simulations et la solidité des prédictions, qui sont d'ailleurs évaluées avec une incertitude elle-même calculée mathématiquement. Le premier ministre a-t-il pris ses désirs pour des réalités ? Personne ne le saura et peu importe. Ce qui compte ce sont les faits. Un point essentiel: la cohérence entre les décès et le nombre de personnes en soins intensifs des pays suivis (France, Italie, Suisse, Québec) est un bon indicateur de la robestesse de l'approche ici développée. Le nombre de personnes en soins intensifs ne montrait aucune baisse, et c'est toujours le cas, aux fluctuations quotidiennes près. L'outil d'analyse du COVID-19 développé pour justement suivre les évolutions de l'épidémie rempli donc parfaitement son rôle pour le suivi de celle-ci.

- (7 mai 2020) Les études sur l'efficacité des médicaments contre le COVID-19 ne font décidemment pas bon ménage avec la communication médiatique. Après les annonces douteuses concernant la chloroquine et ses dérivés, c'est le tour du tocilizumab... Au delà de la déception que cela procure, cela envoie à la société une image délétère du monde scientifique, et il n'est pas étonnant que la confiance soit sérieusement érodée dans un tel contexte. Franchement lamentable...

- (7 mai 2020) Petite leçon d'humilité pour nos amis anglais. Je me souviens, mi-mars, d'informations récurrentes présentant l'immunité collective comme la bonne solution. J'avais à l'époque écrit (et c'est encore sur le site) que ce choix était moralement scandaleux, car il condamnait des centaines de milliers de personnes. La Chine dont on se moque ne l'avait pas fait et cherchait au contraire à protéger ses citoyens. Le Pr. Neil Ferguson de l'Imperial College à l'origine de tout cela ? Après de longues tergiversations, les anglais effrayés par l'ampleur de la vague épidémique se sont rangés au confinement, mais bien tardivement. Résultat, ils ont dépassé le nombre de décès des italiens, initialement montrés comme submergés, mais ayant finalement géré de manière courageuse et efficace cette épidémie qui n'a rien d'une grippette. Morale de l'histoire: on ne rattrape pas le temps perdu dans un processus exponentiel comme une épidémie. Les pays qui ont pris des mesures strictes le plus tôt ont été les grands gagnants. Au lieu de pousser les gens à sortir et aller au théatre le 7 ou 8 mars en France, on aurait dû les inviter à rester chez eux. On savait déjà tout cela fin février... Et le bilan serait 10 fois moindre concernant les décès et les personnes en soins intensifs, sans aucune surprise. Ce sont les chiffres qui parlent. Donc on paie lourdement le retard de nos décisions. Ayant été moi-même moqué début mars quand je montrais les chiffres que je calculais à de grands professeurs de médecine, je dois avouer ma tristesse et ma sourde colère de voir tant de morts par inconséquence, et par refus d'accepter la réalité des nombres. Un déni pathétique.

- (7 mai 2020) Encore une pitrerie néfaste du Pr. Chloroquine, sur ce lien, qui mélange tout. La courbe en cloche est le fait de toute épidémie, par immunité collective (forcée par vaccination ou naturelle), ou par confinement des individus. Donc ce n'est pas une surprise. L'arrivée de ce pic en France est la conséquence du confinement. Point barre. Ce professeur douteux mélange tout dans un galimatias inbuvable et indigne. Si la chloroquine marchait, on le saurait. En Afrique et en Inde par exemple, la dynamique épidémique n'a rien à voir avec la chloroquine, mais avec la pyramide des âges conjuguées avec la faible densité de population dans ces pays (sauf quelques villes, mais la pyramide des âges les sauve). Quant à la létalité de 0.5 ou 0.7% ce n'est pas une surprise, c'est la valeur déduite du paquebot Diamond-Princess depuis février 2020 qui avait une forte proportion de personnes âgées pour cette croisière (7 décès). A noter que l'effet de l'âge est spectaculaire : 0 décès sur le Charles-de-Gaulle qui avait la même densité de passager que sur le Diamond-Princess, mais ils étaient tous jeunes, moins de 30 ans en général ! Par ailleurs, avec 0.5 ou 0.7% de létalité (personne n'en sait rien précisément et cela n'a que peu d'importance en restant à ce niveau), la contagiosité est forcément très grande pour expliquer l'évolution du nombre de décès et de personnes en soins intensifs. Donc ce que racontre ce monsieur, affirmant que la contagiosité est ordinaire, est faux. D'ailleurs chacun peut faire son expérience personnelle en calculant le temps de doublement du nombre de cas ou de décès en début d'épidémie (voir les courbes que je donne venant de l'OMS). On arrive à un R0 de 3-4 environ, bien plus que pour la grippe (pour laquelle on a d'ailleurs un vaccin). Sous une apparence docte, cet homme propage de fausses analyses, et c'est consternant d'observer qu'une telle personne soit en charge d'un institut à ce niveau. Signe d'une défaillance majeure du processus scientifique dans le milieu médical, qui touche d'ailleurs tous les domaines de la science. On navigue hors de toute éthique en donnant crédit à de telles personnes.

- (7 mai 2020) Un article sérieux et bien documenté sur le COVID-19 du Pr. Jean-Claude Bensa en immunologie à l'UIAD (Université Inter-Ages du Dauphiné), détaillant le processus d'infection, les difficultés concernant la mise au point d'un vaccin. Un tel article fait du bien ! Il reste encore et heureusement des scientifiques sérieux, pas comme certains clowns à roulettes... La réalité du COVID-19 est complexe, celle du processus épidémique est plus simple, même s'il y a des zones d'ombre. Merci pour le lien !

- (7 mai 2020) Une initiative heureuse à propos du COVID-19, qui montre le potentiel des ressources à ce sujet. Merci pour le lien !

- (7 mai 2020) Les règles du déconfinement : moins de 3000 personnes en soins intensifs ! Et commepar hasard, on tombe pile-poil sur la courbe que je simule et la valeur estimée depuis 20 jours vers le 11 mai. On est donc fixé, ce sont les lits en réanimation qui sont le critère et c'est logique ! Voici la courbe qui est actualisée chaque jour à ce sujet. Merci pour le lien !

- (8 mai 2020) Cliquez ici pour suivre l'évolution du facteur R0 mise à jour quotidiennement.

- (8 mai 2020) Une info publiée sur la fameuse chloroquine... Raoult va bientôt se raser la barbe et se couper les cheveux !! :) Je vais essayer de retrouver la publication !

- (8 mai 2020) Une vidéo passionnante sur les clés du discours du Pr. Raoult de l'IHU de Marseille. Merci pour le lien !

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- (9 mai 2020) Un nouveau pays dans la liste de ceux suivis : le Brésil. Suite à des contacts alertant sur la gravité de la situation, j'ai décidé de suivre le Brésil qui est effectivement dans une situation très préoccupante pour le COVID-19. Pour trouver les infos en ligne du Brésil, cliquez ici. Merci pour le lien !

- (9 mai 2020) Suite à un échange, je vais aussi suivre la ville brésilienne de Fortaleza, 2.4 millions d'habitants avec une densité de population de 7,768 hab./km2. Comme on peut le voir sur la carte de l'état Ceará, la quasitotalité des cas sont concentrés dans la capitale de cet état, en raison de la densité de population. Je reviendrai sur l'analyse du nombre total de décès en fonction de la pyramide des âges au Brésil. Pour trouver les infos en ligne sur Forteleza et l'état Ceará, cliquez ici. Merci pour le lien !

- (8 mai 2020) Un article soulignant l'absence "intrigante" d'une épidémie ravageuse de COVID-19 comme l'OMS l'avait annoncée, à mon avis à tord, (voir analyse plus bas). On ressort le climat, dont on n'a aucune preuve, la chaleur, mais cela ne marche pas dans d'autres pays très chauds, mais on a échappé à la chloroquine :) Ouf ! En fait, tout est bien plus simple : densité x pyramide des âges. La population africaine est jeune. Elle propage le virus comme partout ailleurs, mais est largement moins impactée sur le plan sanitaire. La comparaison déjà évoquée entre l'équipage du porte-avion Charles-de-Gaulle et les passager du paquebot Diamond-Princess est éloquente ce sujet. C'est le même effet en Afrique, comme partout ailleurs. Seules les très grandes villes africaines très denses peuvent avoir un peu plus de mortalité, la densité compensant l'effet de l'âge. Déjà démontré. On constate donc que beaucoup d'experts, comme dans cet article, n'étayent pas leur propos de vrais calculs derrière. C'est une évidence. Alors on lance des hypothèses, on les multiplie, on a l'air intelligent, mais en fait, c'est le type même de propos de personnes ignorantes !! Désolant. Et je ne suis pas expert en épidémiologie, juste un physicien capable par son métier d'analyser des données accessibles à tous !

- (9 mai 2020) Cliquez ici pour suivre l'évolution du facteur R0 mise à jour quotidiennement.

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- (10 mai 2020) Le suivi des personnes en soins intensifs (Italie, France, Québec et Suisse) permet de constater une projection intéressante quand le pic épidémique est passé. En effet, pour la France, la Suisse et l'Italie, le nombre de décès en fin d'épidémie qui est prévu par le code (sur la base de l'évolution temporelle des décès) colle avec le nombre de cumulés de décès au jour J + le nombre restant de personnes en soins intensifs. En d'autres termes, mis-à-part les comptages externes des EHPAD, quand on clame qu'il y a baisse de nombres de personnes en soins intensifs, il y a autant de morts en plus. Vases communiquants. Il ne reste plus que 100 personnes en réanimation en Suisse, et le pays est presque sur l'asymptote. En France, on est à 26,000 décès cumulés, et il reste encore presque 3,000 personnes en soins intensifs. On arrivera malheureusement à 29,000 décès. Donc cohérence générale des chiffres, ce qui est important. Le seul aspect positif, c'est que très peu de gens rentrent désormais en soins intensifs.

- (10 mai 2020) Alors que nous allons déconfiner en présence d'un très grand nombre de cas de contaminations (et de décès), la Chine est à un stade très avancé du contrôle de l'épidémie. On le constate dans les simulations, rien ne bouge depuis longtemps. Cela permet d'isoler les cas atypiques, comme la résurgence soudaine d'un cas à Wuhan. Que s'est-il passé pour qu'un cas si isolé puisse surgir ainsi ? Le suivi détaillé de tels cas sera très instructif sur la capacité à éradiquer complètement le COVID-19. Il reste de toute évidence un long chemin.

- (10 mai 2020) Retour du confinement général à Shulan en Chine pour seulement quelques cas isolés identifiés. Les chinois veulent éviter la seconde vague. De même, les coréens ferment bars et discothèques à Séoul suite à un retour du COVID-19. On constate donc la fragilité de la situation, quel que soit le pays.

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- (11 mai 2020) Fin du confinement ! Grâce à celui-ci, le nombre de décès a fortement chuté et est tombé à 70 pour la journée d'hier. Mais le nombre de contaminations constatées reste élevé, et celui estimé encore bien plus (scenario taux de létalité de 0.7% le plus probable). Il faut donc rester plus que vigilant dans les semaines qui viennent. Ce n'est pas un retour à une situation normale mais une simple rémission. D'ailleurs, en Chine, au Liban et en Coréee du Sud, des cas sporadiques apparaissent, et montent très rapidement, ce qui prouve la virulence sdu SARS-Cov-2. Très étrange, un peu comme ce fut constaté avec le virus Ebola. Il faudra des mois avant que la situation soit pleinement stabilisée, comme en Afrique de l'Ouest, entre 2014 et 2015. Bonne journée et restons optimistes !

- (11 mai 2020) Attention à ne pas être trop optimiste malgré tout !. Le temps de la recherche est long, et avec les médias, les désirs deviennent vite des réalités, avec des déceptions en bout de course.

- (11 mai 2020) La susceptibilité des pays et des villes au COVID-19 a été mise à niveau avec une approche bien plus rigoureuse. Cela ne change en rien la répartition par pays ou régions du monde qui étaient indiqués préalablement, juste la valeur absolue, qui maintenant a un sens plus précis (voir note de calculs à ce sujet). Pour les villes (50 villes mondiales, 20 européennes, 10 françaises et 10 brésiliennes), on prend en compte la densité locale de chaque ville pour évaluer le risque. Entre susceptibilité et nombre effectif de décès, il peut y avoir une grande différence, selon la politique de confinement et la date à laquelle celui-ci a été appliqué. Prenons l'exemple de Paris qui est une des villes les plus susceptibles du monde, à cause de la densité de population très élevée (20000 h/km2 = 0.02 h/m2), et de la pyramide des âges qui n'est pas favorable. Le facteur Fcovid local de susceptibilité vaut 8.7702e-05/m2 (susceptibilité du pays x densité locale). On peut estimer le nombre de décès avec un confinement modéré comme celui qu'on a vécu au cours de ces deux derniers mois en prenant une surface d'interaction moyenne de S = 8 m2 entre individus. On a ainsi Ndeces = Npopulation*Fcovid*S ce qui donne pour Paris 2,200,000x8.7702e-05x8 = 1543 décès. Dans les faits, le nombre de décès à Paris vaut 1579 le 10 mai, nombre qui ne varie plus beaucoup. On considère maintenant, à titre de comparaison, la ville de Wuhan en Chine, 11 millions d'habitants, une densité de population quatre fois moindre 5,825 h/km2 = 0.005852 h/m2, une population plus jeune, donc moins à risque (susceptibilité France : 0.0043851, susceptibilité Chine continentale : 0.0029147). La susceptibilité de Wuhan vaut alors 0.0029147*0.005825 = 1.6978e-05 alors que celle de Paris 0.0043851*0.02 = 8.7702e-05 comme cité plus haut est 8 fois supérieure. Dans ces conditions, le nombre de décès avec confinement à Wuhan est estimé à 1.6978e-05*11e6*8 = 1500 en prenant la même surface effective d'interaction (8 m2), soit le même ordre de grandeur que Paris, alors qu'il y a 5 fois plus d'habitants ! Dans les faits, il y a eu au total 2500 décès (3800 avec la correction du 17 avril). On est sur l'ordre de grandeur dans tous les cas, et c'est cela qui compte. D'où peut provenir la différence : de la politique de confinement. En effet, sans confinement, la surface d'interaction est bien plus grande et non plus 8 m2 ! Donc ce calcul n'est pas très précis, mais est très utile pour comparer le risque d'épidémie entre pays, entre villes. C'est ainsi que l'on peut dire qu'en Afrique, le risque d'une forte mortalité par COVID-19 est bien plus faible, sauf dans quelques rares grandes villes denses. Sur la base de ce calcul élémentaire, on comprend pourquoi l'Europe et les Etats-Unis sont si touchés par rapport au reste du monde : pyramide des âges x densité, le cocktail explosif du COVID-19. Un confinement strict des personnes de plus de 65 ans réduit fortement la susceptibilité de la France qui vaut alors 0.001238, d'un facteur 4 environ (0.0043851 sans confinement différentiel) et le nombre de décès à Paris diminuerait d'autant. A noter que le confinement des personnes âgées en Afrique n'impacte pratiquement pas la mortalité du COVID-19, ce qui est normal, car la population est jeune. Enfin, avec un confinement strict des personnes de plus de 65 ans, les régions les plus touchées seraient la Russie et l'Europe de l'Est (voir la section analyse général du COVID-19 pour les courbes et les détails.

- (11 mai 2020) Cliquez ici pour suivre l'évolution du facteur R0 mise à jour quotidiennement.

- (11 mai 2020) Un documentaire remarquable de le NHK sur l'épidémie de COVID-19 dans le paquebot Diamond-Princess. Merci pour le lien !.

- (11 mai 2020) La pandémie vue par la CIA en 2005 et commente par Alexandre Adler. Une extrapolation visionnaire de la première épidémie de SRAS. Merci pour l'article !

- (11 mai 2020) Au soir du premier jour de déconfinement, la France constate 263 décès dûs au COVID-19, dont 178 en hôpitaux. Triste nouvelle qui montre combien l'épidémie est loin d'être terminée. A noter que depuis l'annonce du jour du déconfinement mi-avril, le nombre de décès calculés était entre 130 et 170 par jour pour le 11 mai, ce qui avait ému plusieurs personnes qui trouvaient ce chiffre bien trop élevé !! Et bien, les prédictions étaient malheureusement bonnes. Il faudra encore plusieurs semaines pour atteindre un nombre de décès très bas (< 10). Vers fin juin... ! On peut s'interroger désormais sur les conditions estivales.

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- (12 mai 2020) Fin de partie pour d'hydoxy-chloroquine ? Cela ressemble beaucoup à un pétard mouillé comme en atteste cette publication. Morale de l'histoire, ne jamais annoncer des résultats scientifiques qui ne sont pas sérieusement validés. La faute professionnelle est là. Tout scientifique peut se tromper de bonne foi. En croisant les avis entre spécialistes, on protège la personne concernée par l'étude suspecte, et on protège également la commaunauté scientifique. C'est donc un devoir de respecter les règles. Et puis on crée de faux espoirs, et cela est indamissible dans un contexte comme le COVID-19.

- (12 mai 2020) Le 13 avril dernier, suite à l'allocuation présidentielle annonçant le début du déconfinement le 11 mai, soit presque un mois à l'avance, j'annonçais le soir même que selon le secnario, il y aurait ce jour-là 10 décès et 630 contaminations quotidiennes (scenario haut taux de létalité) ou 40 décès et 5300 contaminations quotidiennes (scenario bas taux de létalité). Dans les faits, on trouve 130 décès. Cela donne une forte indication que c'est le taux de létalité de 0.7% ou même un peu moins qui donne les résultats les plus proches des observations. Certes, il y a un facteur x3 mais compte tenu des fluctuations importantes du nombre de décès d'un jour à l'autre, la prédiction sur presque 30 jours n'a pas été si mauvaise que cela !

- (12 mai 2020) Une tri-thérapie pour soigner les personnes atteintes du COVID-19 ? On peut l'espérer au vu de ces travaux.

- (12 mai 2020) Le Tocilizumab est décidemment une molécule qui semble très prometteuse. Une pubication porteurse d'espoir à valider pour les cas très graves. Merci pour l'info !

- (12 mai 2020) Une analyse bien sombre d'un expert américain des épidémies. Merci pour le lien !

- (12 mai 2020) Les projections de l'INSPQ au Québec concernant le COVID-19. Merci pour le document !

- (12 mai 2020) Les villes sur-denses présentent une mortalité accrue. Un autre article en cliquant ici. Rien de bien surprenant à la lumière des études faites depuis un mois, Fcovid = densité x âge. Merci pour le lien et l'article !

- (12 mai 2020) Un article sur l'épidémie aux Etats-Unis, qui continue à prendre de l'ampleur, même sur les données montrent un net ralentissement. Ce qui m'a intéressé dans l'article est le fait que la moyenne d'un vingtaine de simulations effectuées par les américains indique que l'épidémie fera environ 100,000 décès d'ici le 30 mai. C'est exactememt la valeur calculée par le code, avec en bout de course 112,000 décès, si rien ne dérape d'ici là. Je prends date et on observera la situation fin mai.

- (12 mai 2020) Un article très intéressant sur la question du seuil d'immunité collective, objet de nombreuses controverses. L'auteur montre qu'en prenant en compte l'inhomogénéité de la contamination, le seuil d'immunité collective serait bien plus bas que celui prédit. Actuellement, je considère une population homogène, comme l'a fait N. Ferguson de l'Imperial College, donc le taux de contamination est implicitement proportionel à la densité locale de population. C'est la valeur par défaut la plus plausible. S'il y a un facteur d'inhomogénéité qui intervient, la probabilité de contamination que je considère dans les calculs peut alors être bien moindre en fonction du nombre de cas. Dans ces conditions, l'épidémie doit s'arrêter naturellement bien plus tôt. Donc il est possible de décrire cet effet quantitativement, dans le modèle développé. Cependant, une objection saute aux yeux: tout baser sur la dynamique épidémique en Suède est un peu trop simple, et ne marche pas bien pour les autres pays. La dynamique des cas de contamination certifiés a toujours semblé très particulière, avec notamment une rupture de pente très tôt, qui n'est absolument pas observée dans les décès... c'est très bizarre... Donc, une idée intéressante qui sera validée ou non selon les observations futures. Pour l'instant, l'approche simple semble bien fonctionner, et l'immunité collective est encore loin. Les dernières valeurs sur la Suède ne semble pas supporter cette interprétation, avec 31 décès journaliers.

- ("13" mai 2020) Les nouvelles du jour sur le front du COVID-19. Retour sur la gestion par le Vietnam qui a été exemplaire. Ceci-dit, le risque épidémique global lié à la pyramide des âges est deux fois moindre au VietNam qu'en Europe (voir analyse générale du COVID-19), donc ce pays a bien géré mais a aussi bénéficié de la spécificité du COVID-19 qui touche préférentiellement les personnes les plus âgées. Par ailleurs, des progrès technologiques pour bloquer la diffusion du virus SARS-Cov-2.

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- (14 mai 2020) Une très belle étude épidémiologique concernant le porte-avion Charles-de-Gaulle. Merci pour le lien !

- (14 mai 2020) Toujours 30 cas quotidiens de contamination confirmés en Corée du Sud qui n'arrive pas à maintenir un niveau plus bas. La situation actuelle est pire qu'il y a cinq semaines !

- (14 mai 2020) Les Etats-Unis n'arrivent pas à quitter le plateau épidémique, et filent vers les 100,000 décès prédits depuis longtemps (voir les courbes), et auront également à gérer le COVID-19 pendant de très longs mois en interne.

- (14 mai 2020) Malgré des données très chaotiques sur les décès, changées quotidiennement sur plusieurs dizaines de jour en arrière, la tendance à Fortaleza est claire et proche de celle au Brésil dans son ensemble : le pays file vers l'immunité collective actuellement. L'atteindra-t-il ? Tout la question est là. La croissance du nombre de cas certifiés et du nombre de décès est impressionnante, et si rien n'est fait, le code prévoit 412,000 décès d'ici deux mois... Alors évidemment, on va dire que ces extrapolations sont fantatisistes, mais elle sont basées sur l'observation. Le temps rapide est actif, et la croissance exponentielle est implacable. Si rien n'est fait, d'ici un mois environ, le Brésil aura dépassé la compatbilité macabre des Etats-Unis. A suivre plus que jamais.

- (14 mai 2020) Actuellement, la dynamique épidémique de tous les pays européens est identique, quelle que soit la méthode de gestion employée pour limiter le COVID-19. On ne constate aucune seconde vague, ni redémarrage fort. De petites bouffées sont observées en Corée, Chine, Liban, mais celles-ci restent d'ampleur limitée, entre 30 et 60 cas. Mais la croissance sur quelques jours montrent qu'il suffit de peu de chose pour que tout reparte comme avant. Donc les mesures barrière seront le meilleur rempart contre un tel retour potentiel. Au niveau moyen actuel de cas en Europe, et compte tenu de ce que l'on observe en Asie, il est normal de ne pas voir ces résurgences très bas niveau dans les chiffres, car le niveau de contamination reste encore très élevé. Les trois pays préoccupants sont le Québec, les Etats-Unis et surtout le Brésil. Enfin, on ne voit, sur plus de deux mois d'analyse, aucun changement de dynamique notable de l'épidémie, partout dans le monde, qui pourrait indiquer une saisonnalité marquée du virus, où l'appaarition d'un traitement curatif de la maladie. Les conditions restent donc inchangées, et les améliorations sont toutes le résultat d'un confinement strict, ou d'une distanciation sociale qui a été bien gérée.

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- (15 mai 2020) Analyse de la surmortalité en France par l'INSEE. Mise en évidence d'une très importante anomalie avec le COVID-19, la surface sous le pic donnant l'ampleur du problème sanitaire. Bien pire que la canicule de 2003, et même des épisodes de grippe saisionaières ou non. Le COVID-19 est tout sauf une gripette...

- (15 mai 2020) OpenSAFELY: facteurs associés aux décès à l'hôpital liés au COVID-19 dans les dossiers de santé électroniques de 17 millions de patients adultes du NHS. Merci pour le lien très instructif vers la publication !

- (15 mai 2020) Un article bien documenté sur la raison pour laquelle les hommes sont plus sensibles au COVID-19. Renvoi sur plusieurs références dans des journaux scientifiques.

- (15 mai 2020) Cliquez ici pour suivre l'évolution du facteur R0 mise à jour quotidiennement.

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- (16 mai 2020) Un article sur l'INSERM qui va lancer une vaste cohorte pour comprendre les mécanismes de propagation du virus SARS-CoV-2. Merci l'article !

- (16 mai 2020) Grosses difficultés pour obtenir des données aujourd'hui ! Le site officiel français est resté sur le 14 mai, à Fortaleza, maintenance depuis deux jours...

- (16 mai 2020) On constate depuis quelques semaines des résurgences sporadiques de COVID-19 en Chine, alors qu'il n'y a plus aucun décès depuis le 27 avril 2020. L'interprétation possible viendrait de la circulation souterraine du virus sous forme asymptômatique qui est la plus probable, et de temps à autre, le virus signale sa présence de manière plus marquée. En effet, pour le scenario avec un taux de létalité de 0.7%, qui semble le niveau le plus probable, il reste encore un niveau journalier de contamination de l'ordre de 5 à 6. Dans ces conditions, l'éradication complète du virus sera effective lorsque plus aucun cas ne sera observé pendant plusieurs semaines. La lutte contre le COVID-19 n'est donc pas terminée, contrairement à ce qu'annonce le premier ministre de Slovénie pour son pays !

- (16 mai 2020) Confirmation que c'est une journée noire pour obtenir les données... Même le site français est toujours en rade... Donc pas de nouvelles simulations aujourd'hui. Désolé !

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- (17 mai 2020) Un article de plus sur l'efficacité contestée de l'hydroy-chloroquine.

- (17 mai 2020) Une étude sur le COVID-19 concernant les chats. Il semble qu'il puisse y avoir de la contagion entre chats. Comme souligné, tous les canaux de contaminations doivent être explorés pour comprendre l'épidémie.

- (17 mai 2020) Des masques qui détectent le coronavirus !

- (17 mai 2020) Un article sur la fraction de la population qui a rencontré le SARS-CoV-2 en France. Merci pour le lien !

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- (18 mai 2020) Cliquez ici pour suivre l'évolution du facteur R0 mise à jour quotidiennement.

- (18 mai 2020) Un article instructif sur les fluctuations des données, qui peuvent varier de plusieurs dizaines à plusieurs centaines de personnes décédées d'un jour à l'autre. Une petite fluctuation dans la phase ascendante de l'épidémie est très pénalisante sur les prédictions, car plus l'épidémie progresse, plus de nombre de décès est élevé. Cela pondère ainsi de plus en plus le dernier jour des données au détriment des précédents et donc les extrapolations. Avec un R0 élevé, le COVID-19 conduit à des prédictions très incertaines tant que le pic épidémique n'est pas passé. Une fois celui-ci franchi, la situation est bien meilleure, car le poids ddu dernier jour dans l'interpolation est de plus en plus faible. En conséquence, dans cette phase décroissante, les prédictions d'améliorent très vite, et on ne constate presque plus de fluctuations des prédictions autour des moyennes glissantes, sauf pour la fin de l'épidémie, quand la pente est faible, car la date est alors très lointaine. Aucun outil de calcul ne peut offrir de bonnes prédictions en phase initiale, juste des indications !

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- (19 mai 2020) Un article sur le fait que la pandémie a peu de chances de s'arrêter cet été.

- (19 mai 2020) Premiers résultats apparemment prometteurs sur la route du vaccin. Pas gagné, mais cela donne de l'optimisme.

- (19 mai 2020) Le Brésil fonce droit vers la catastrophe. Seul pays encore sur la trajectoire de l'immunité collective, il risque d'y avoir beaucoup de casse.

- (19 mai 2020) L'OMS peut-elle encore sauver le monde ? Vaste question !! Merci pour le lien.

- (19 mai 2020) Le facteur âge est essentiel pour comprendre la dynamique du COVID-19. Mais derrière l'âge, la co-morbidité est certainement une des clés du problème, soulignant l'importance des maladies chroniques. Après, on peut épiloguer longtemps comment régler le problème. Une réflexion venant alimenter le débat.

- (19 mai 2020) Petite ironie du sort : il y a actuellement plus de décès quotidien en France qu'en Iran. L'Iran qui avait été un des premiers pays à faire face à l'épidémie a finalement bien géré le COVID-19, après une phase initiale chaotique. Quant aux rumeurs comme quoi tous les chiffres seraient faux, la suite temporelle cohérente démontre le contraire.

- (19 mai 2020) Une très belle étude sur la transmission du COVID-19 au sein d'une chorale au Etats-Unis. Impressionnant !

- (19 mai 2020) Cliquez ici pour suivre l'évolution du facteur R0 mise à jour quotidiennement.

- (19 mai 2020) La traque du patient 0 en France. De plus en plus d'indices suggèrent que des patients étaient atteints du COVID-19 bien avant Noël ! Passionnant.

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- (20 mai 2020) L'immunité contre le COVID-19 existe ! Un article instructif sur cette question centrale. Merci pour le lien !

- (20 mai 2020) L'hydroxy-chloroquine est vraiment inefficace. Merci pour le lien !

- (20 mai 2020) Quelques publications très instructives ici et ici. Merci pour l'info !

- (20 mai 2020) Autres articles sur le COVID-19 et ses conséquences, ici et ici. Certains ont de l'ingéniosité ! Merci pour ceux-ci !

- (20 mai 2020) Cliquez ici pour suivre l'évolution du facteur R0 mise à jour quotidiennement. Attention un R0 stable ne signifie pas que la situation s'arrange. Il faut aussi que le R0 soit au moins inférieur à 0.5. Le Brésil par exemple continue de manière stable à filer vers la catastrophe...

- (20 mai 2020) Situation générale : Le Brésil est en zone rouge. L'épidémie progresse très fortement sans aucun signe de faiblesse. Cela démontre à ceux qui avaient encore des doutes que sans mesures sanitaires fortes, cette épidémie est particulièrement puissante. A Fortaleza, la situation est aussi préoccupante, mais un peu moins. Les Etats-Unis, le Québec et Royaume-Uni sont sur une très lente décroissance des décès et des cas confirmés. L'épidémie va durer longtemps dans une telle situation. L'épidémie est en bonne voie de contrôle aux Pays-Bas, en Pologne et en Suisse. Idem en Espagne, France, et Italie, même si les niveaux de décès restent bien plus élevés (x10 environ). Il faudra attendre la fin du mois de juin pour que ces trois pays rejoignent les trois actuellement en voie d'un bon contrôle. La Suède est un cas atypique. Le nombre de décès et de cas certifiés journaliers reste encore important, même par rapport à la France ! L'Iran est au niveau de la France en terme de nombre quotidien de décès. Fin juin, la situation sanitaire devrait être meilleure. Quant à la Chine et la Corée du Sud, il n'y a plus de nouveaux décès quotidiens, mais des cas sporadiques de COVID-19 sont détectés quotidiennement, moins de 10 en général, comme au Liban. L'épidémie est sous contrôle, mais n'est pas terminée. On risque d'avoir une longue queue de cas quotidiens, avec quelques décès de temps à autres. Cela ressemble beaucoup à la phase de déclin de l'épidémie de fièvre hémorragique à cause du virus Ebola en Afrique de l'Ouest, entre 2014-2015 (voir les simulations). Donc la "bataille" contre le virus porte ses fruits. Ce qui est positif pour les services hospitaliers. Cela limite les décès également. Mais elle est loin d'être terminée, et on sent bien que baisser la garde conduirait rapidement à un retour à la case départ.

- (20 mai 2020) Lien vers le site de l'INSERM listant les publications des papiers acceptés sur le COVID-19. Merci pour le lien !

- (20 mai 2020) Le site de l'université du Massachussets sur les prédictions concernant l'évolution du COVID-19 aux Etats-Unis. Cela ressemble beaucoup à ce qui est fait ici, moins interactif certes, mais donnant plus de détails sur la précison des calculs. Merci pour le lien !

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- (21 mai 2020) Avec l'application StopCovid, la France a toutes les chances de rater une fois de plus ses objectifs. Cette orgueil national de se distinguer sans en avoir les moyens est vraiment un mal profond.

- (21 mai 2020) Nous avons un champion national de la polémique stérile et nulle. Ce triste sire, roi de la chloroquine qui ne semble vraiment pas utile pour le COVID-19, n'en rate pas une pour raconter des âneries. Le rapport entre le nombre de décès à Paris et Marseille, à pyramide des âges égale, est très proche du rapport de densité de population : 5.64 ! Alors pas besoin d'aller chercher des polémiques vides de sens. L'explication détaillée est donnée plus bas. A vrai dire, il est effarant de voir un tel gugusse à la tête d'un institut de cette taille raconter librement des âneries sans nom et depuis des mois. Mis à part répéter les recommandations de l'OMS pour les tests, il n'a fait que des erreurs... Les médias devraient se détourner de lui une fois pour toute.
- COVID-19 fatality risk : 8.7702e-05 for Paris (France), density : 20000 h/km2, population : 2148271
- COVID-19 fatality risk : 4.8236e-05 for Lyon (France), density : 11000 h/km2, population : 1423000
- COVID-19 fatality risk : 2.1487e-05 for Mulhouse (France), density : 4900 h/km2, population : 109443
- COVID-19 fatality risk : 2.061e-05 for Nice (France), density : 4700 h/km2, population : 340000
... - COVID-19 fatality risk : 1.5786e-05 for Marseille (France), density : 3600 h/km2, population : 1400000

- (21 mai 2020) On peut voir l'Everest de Kathmandou ! Un effet secondaire positif du COVID-19.

- (21 mai 2020) La localisation des clusters en France. Une carte vaut mieux qu'un long discours ! Merci pour l'info !

- (21 mai 2020) Cliquez ici pour suivre l'évolution du facteur R0 mise à jour quotidiennement. Attention un R0 stable ne signifie pas que la situation s'arrange. Il faut aussi que le R0 soit au moins inférieur à 0.5.

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- (22 mai 2020) Les habitants de haute altitude seraient-ils moins sensibles au SARS-Cov-2 ? A lire ici.

- (22 mai 2020) La situation aux Etats-Unis. Merci pour le lien !

- (22 mai 2020) Une vidéo très pédagogique sur l'infection par le SARS-CoV-2. Merci pour le lien !

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- (23 mai 2020) L'étude sur une grande cohorte que l'on attendait depuis longtemps est enfin arrivée. L'effet conjoint de l'hydroxychloroquine et de son macrolide d'appoint, l'azithromycine est maintenant bien identifié. Cliquez ici pour en découvrir la teneur.

- (23 mai 2020) Fatigue, difficultés respiratoires: la réapparition de symptômes du Covid-19 inquiète les médecins. Lire en cliquant ici.

- (23 mai 2020) Jusqu'à lundi prochain, aucune statistique ne sera fournie par Santé Publique France. le SARS-Cov-2 est parti en week-end ! Sympa non ?

- (23 mai 2020) Un article proprement édifiant. Les médecins sensés se baser sur une approche rationnelle sont près à donner à leur patient des médicaments n'ayant pas fait leur preuve... cela en dit long sur l'état d'une certaine vision de la médecine. On peut comprendre leur désarroi face au COVID-19, mais de là à prescrire un protocole qui n'est pas seulement inoffensif, mais toxique (voir article plus haut), j'en reste sans voix.

- (23 mai 2020) La situation catastrophique des pays d'Amérique du Sud, plombés par des zones urbaines très denses où les gestes de distanciation sociale ne sont pas bien appliqués. 90% des cas en Argentine par exemple sont à Buenos Aires. Idem au Brésil avec Sao Paulo et Fortaleza.

- (23 mai 2020) La publication scientifique du journal The Lancet sur l'efficacité de l'hydroxychloroquine avec ou sans l'azithromycine. Merci pour le lien !

- (23 mai 2020) Cliquez ici pour suivre l'évolution du facteur R0 mise à jour quotidiennement. Attention un R0 stable ne signifie pas que la situation s'arrange. Il faut aussi que le R0 soit au moins inférieur à 0.5.

- (23 mai 2020) Selon les simulations, il y aura plus de décès au Brésil qu'aux Etats-Unis dans un mois environ, donc vers mi-juin. Si rien n'arrête la croissance exponentielle du COVID-19 au Brésil, les perspectives sont de 330,000 décès... au niveau de l'immunité collective.

- (23 mai 2020) Dans les médias français, on compare volontiers la France, ou les pays européens, aux Etats-Unis. En terme de population, il vaudrait mieux comparer l'Europe aux Etats-Unis, et là, il n'y a pas photo, les Européens, avec 176,000 décès aujourd'hui ont fait bien pire qu'outre-atlantique... Donc les comparaisons de ce genre sont très politiques... et peu enrichissantes sur le plan scientifique...

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- (24 mai 2020) Le COVID-19 est-il plus contagieux qu'annoncé ? Une étude du CDC américain semble le monter avec des valeurs de R0 initiales assez élevées. Ce qui est intéressant, c'est que l'article non encore validé pointe du doigt la difficulté à estimer le R0 initial comme je l'avais écrit voici quelques semaines avec l'incertitude sur le temps d'incubation pendant lequel une personne peut contaminer plein de gens sans le savoir ! D'ailleurs les valeurs annoncées rejoignent celles que j'avais prises !! En particulier, ils donnent un taux de doublement initial tous les 2.3 et 3.3 jours, calcul que j'avais fait en mars, et j'avas annoncé les mêmes valeurs... L'observation des données est une étape fondamentale de l'analyse numérique ultérieure. Dans ce contexte, le paramètre qc0 qui donne le taux de croissance exponentiel initial est bien plus fiable que le fameux R0 ! Une bizarrerie des épidémiologistes !

- (24 mai 2020) Le fait que les individus aient une sensibilité ou une exposition différente au virus SARS-CoV-2 réduirait significativement le seuil de l'immunité collective qui pourrait passer de 60-70% (1-1/R0) à 20% environ. Lire ici l'article non encore validé. J'avais cité un lien quelques jours plus tôt à ce sujet. Le Brésil, malgré lui, risque de clarifier la situation au rythme de croissance de l'épidémie... Merci pour le lien !

- (24 mai 2020) Idem sur l'immunité collective mais en considérant l'effet des classes d'âge. Lire ici l'article. Merci pour le lien !

- (24 mai 2020) Coronavirus: et la science domina le débat public, pour le meilleur et pour le pire. Un article intéressant sur le sujet brûlant du COVID-19.

- (24 mai 2020) Un article intéressant de chercheurs américains sur les réactions immunitaires au COVID-19 du fait de contaminations anciennes par d'autres virus. Le monde du COVID-19 est immense, et comme le nombre de chercheurs est très élevé, il y a des milliers d'études, autant que d'idées ! Mais le virus se propage, inexorablement, et pour l'instant, les idées les plus simples restent encore largement celles qui collent le mieux aux observations. Il faudra attendre la fin complète de l'épidémie pour que des analyses approfondies puissent séparer le grain de l'ivraie. Merci pour le lien !

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- (25 mai 2020) Cliquez ici pour suivre l'évolution du facteur R0 mise à jour quotidiennement. Attention un R0 stable ne signifie pas que la situation s'arrange. Il faut aussi que le R0 soit au moins inférieur à 0.5.

- (25 mai 2020) Le 2 juin sera le moment clé pour évaluer sérieusement les conditions d'un retour à la normale. Lire l'article en cliquant ici.

- (25 mai 2020) Certains journaux indiquent que le nombre de cas certifiés est à la hausse en Iran, et c'est exact depuis 25 jours, même si la pente baisse de nouveau depuis quelques jours. Ce phénomène a déjà été observé plus tôt dans l'épidémie, et pourrait être associé à un problème de comptage ou de méthode. On ne voit pas en tout cas d'évolution sur le nombre de décès dont la tendance est globalement baissière (au bruit journalier près) depuis 50 jours. Et on ne voit pas d'impact du rebond apparu il y a 25 jours sur les cas certifiés, ce qui confirme que c'est probablement un souci de comptage ou un changement de méthode et non la tant redoutée seconde vague épidémique. A noter que les principaux sanctuaires chiites viennent de rouvrir, et cela n'est pas une bonne nouvelle... A suivre donc !

- (25 mai 2020) La Suède vient de franchir le seuil symbolique de 4000 décès. Le code en prévoit presque 5000 en fin d'épidémie. Actuellement, les données fluctuent considérablement (d'ailleurs depuis le début de l'épidémie, ce qui est très étrange), mais le modèle donne encore un taux moyen de décès de 40 par jour, ce qui est assez élevé, pour un pays qui n'a pas été beaucoup touché par le COVID-19 pour les raisons expliquées dans l'analyse générale de l'épidémie. Un impact de l'absence de confinement ?

- (25 mai 2020) L'immunité croisée décrit une immunité acquise contre un agent infectieux qui protège contre un autre agent (virus ou bactérie). Certains chercheurs évoquent cette possibilité pour le COVID-19, et dans ce cas, la plupart des gens seraient dèjà immunisés, d'où l'absence d'un risque de seconde vague. Lire ici l'article sur ce sujet encore très controversé.

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- (26 mai 2020) La question de la possibilité d'une seconde vague taraude toujours les esprits. Voici un article bien détaillé sur le sujet. Au vu des observations sur ces dernières semaines, rien ne laisse présager cette seconde vague, mais quand on observe la dynamique épidémique en Coréee du Sud, on constate que celle-ci peut arriver à tout moment, en l'absence d'une grande vigilance.

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- (27 mai 2020) Un article intéressant sur les épidémies en Provence.

- (27 mai 2020) L'article publié dans la revue The Lancet sur l'hydroxychloroquine et le COVID-19 a des conséquences sérieuses sur le programme européen français Discovery qui tourne de plus en plus au fiasco... Lire l'info en cliquant ici.

- (27 mai 2020) L'épidémie de COVID-19 n'a pas que des conséquences néfastes ! Grâce au confinement, de nombreuses maladies contagieuses ont été stoppées net. Au final, la mortalité pourrait même sêtre améliorée... Lire l'article en cliquant ici.

- (27 mai 2020) Le confinement strict en France a été decidé le 16 Mars 2020. Une question qui taraude de nombreuses personnes est de savoir quel aurait été l'impact de la date de celui-ci sur le nombre cumulé de décès en hôpitaux (seul proxy de l'épidémie, les décès en EHPAD ne sont pas pris en compte) à la fin de l'épidémie. Résultat : impact considérable comme indiqué dans la figure ci-dessous. Actuellement, la France devrait atteindre 19,000 décès (on est au jour d'aujourd'hui à 18339). Si le confinement avait été décidé une semaine plus tôt, il y aurait tout au plus 2000 décès, soit 10 fois moins ! La légèreté en début d'épidémie se paie au prix fort en fin de celle-ci. Evidemment on peut faire des si avec des la et dire qu'il est facile a posteriori de savoir ce qu'il aurait fallu faire. Cependant, les calculs effectués début mars étaient sans ambigüité sur la catastrophe qui se préparait. Le problème, c'est que bon nombre d'épidémiologistes n'y croyaient pas, et le gouvernement français non plus... Dommage ! D'autres pays qui ont pu apparaitre plus frileux en fermant très tôt leurs frontières et en décidant très vite un strict confinement ont bien mieux joué, et en tirent maintenant les bénéfices. Le cas du Royaume-Uni qui a tergiversé pour décider un confinement strict mais très tardif est révélateur à ce sujet. C'est actuellement le pays qui a le plus de décès en Europe !

- (27 mai 2020) L’hydroxychloroquine n’est plus autorisée en France contre le Covid-19 ! Au vu des études déjà menées, ce n'est pas une surprise. De toute façon, dans les analyses des séries temporelles des différents pays menée avec le code, on constate une forte concordance des dynamiques, et rien n'indique qu'un médicament miracle ait changé la donne quelque part. A noter que le Pr. D. Raoult de l'IHU de Marseille clame qu'il obtient les meilleurs résultats au monde, avec 0.5% de létalité, or 0.5-0.7% de létalité est justement la valeur naturelle vers laquelle converge toutes les études. Donc, rien d'original... dans ses annonces, qui montrent au contraire que son traitement ne marche pas !

- (27 mai 2020) La Suède pourait être exclue des accords de libre circulation en Europe cet été, en raison de la propagation encore importante du virus ! Pas surpris de cette possibilité ! Quand on regarde les courbes, le pays semble bloqué sur un niveau assez élevé (cas certifiés et décès). La prochaine semaine sera très importante pour savoir si la méthode suédoise est la bonne. A noter que la corrélation croisée décès-infection est très suspecte, et fait apparaître une périodicité de 5-6 jours visible sur les signaux. D'où vient-elle ? Gestion administrative ? Il reste pas mal de choses peu claires chez les suédois !

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- (28 mai 2020) Les Etats-Unis viennent de franchir la barre symbolique des 100,000 décès. Triste bilan qui était prévisible depuis longtemps, et le solde final sera encore plus élevé. Le fait que 30 à 40% de la population ne croyait pas au COVID-19 a porté un coup sévère au contrôle de l'épidémie qui tend malgré tout, mais très lentement, à se stabiliser. Les chercheurs de l'université du Massachusetts, estiment d'après leurs calculss que le nombre de décès du Covid-19 devrait avoisiner les 123.000 morts dans le pays d’ici le 20 juin. Avec le code, on estime celui-ci à 119,000 ! Donc très proche... ce qui valide une fois de plus les prédictions du modèle, compte-tenu des incertitudes sur les données.

- (28 mai 2020) Cliquez ici pour suivre l'évolution du facteur R0 mise à jour quotidiennement. Attention un R0 stable ne signifie pas que la situation s'arrange. Il faut aussi que le R0 soit au moins inférieur à 0.5.

- (28 mai 2020) De toute évidence, la Corée du Sud fait face de nouveau à un sérieux problèmes avec le COVID-19 (voir figure ci-dessous). Les cas certifiés repartent à la hausse très fortement, comme lors de la première grande vague mi-février. On approche de la centaine de cas quotidiens (ce qui signifie 10 fois plus de contamination quotidienne mais invisible, car pas de symptômes). La manière de gérer le COVID-19 en Corée du Sud a été considérée comme examplaire, et c'est exact à plus d'un titre. Cependant, l'absence de confinement strict présente des limites de toute évidence. A méditer pour la France, et le reste du monde, en phase de déconfinement. A noter que les cas repartent aussi au Québec, ainsi que le nombre de personnes en soins intensifs... Le COVID-19 est une saleté dont on aura du mal à se débarasser...

- (28 mai 2020) A l'intérieur du génome du SARS-CoV-2, simple et complexe à la fois. Sa signature apportera certainement les bonnes réponses pour se débarasser de ce bout de virus ! Merci pour le lien !

- (28 mai 2020) A l'intérieur du génome du SARS-CoV-2, simple et complexe à la fois. Sa signature apportera certainement les bonnes réponses pour se débarasser de ce bout de virus ! Merci pour le lien !

- (28 mai 2020) Comment le COVID-19 a explosé courant mars aux Etats-Unis. Une analyse qui remet pas mal de chose en cause. Merci pour le lien !

- (28 mai 2020) Les cas certifiés de COVID-19 aux Pays-Bas ne semblent pas baisser depuis une grosse semaine. En Pologne il semble même se stabiliser à un niveau assez élévé. EN tous cas la lentre décroissance est nettement stoppée. A suivre donc !

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- (29 mai 2020) La science n'est pas une grande ligne droite faite d'évidences, mais un chemin tortueux pour trouver la lumière ! Lire larticle ici.

- (29 mai 2020) Le Royaume-Uni est le pays le plus touché en terme de sur-mortalité ! Tergiverser à propos du confinement a été fatal. On ne plaisante pas avec une exponentielle....

- (29 mai 2020) Le déconfinement s'accélère, le fruit d'un effort collectif qui a été payant.

- (29 mai 2020) Mystère ! Hier, alors qu'on annonçcait les prochaines mesures de déconfinement, le nombre de nouveaux cas certifiés a bondi de 3325 unités, alors que sur la dizaine de jours précédents, la France tournait autour de 250-300 nouveaux cas par jour ! Rattrapage ? Nouveaux cas réellement ? Une chose est certaine, aucune nouvelle dans les journaux comme ici et ailleurs. On a l'impression que les médias filtrent allègrement les informations. On verra dans les prochains jours... Mais cela ne donne pas confiance...

- (29 mai 2020) Le monde est encore très loin de l'immunité collective. Lire ici l'article. Merci pour le lien !

- (29 mai 2020) On cherche à comprendre la forte mortalité en Italie, et les explications foisonnent. Il n'y a probablement pas une mais des explications. En voici une originale !

- (29 mai 2020) Une représentation très instructive de la dynamique du COVID-19 donnée par le site OurWorldInData. On observe bien la montée dramatique du Brésil mais aussi une petite résurgence en Suède. L'Inde est à suivre également. Ce qui est fascinant est la concordance des dynamiques. Il peut y avoir des erreurs dans les data, mais globalement, elles sont fiables, même si les données ne sont que des proxy. Il y a certainement bien plus de décès au final, mais la comptabilité exacte ne sera connu que bien plus tard. Merci pour la figure !

- (29 mai 2020) Un ami m'a recommandé la lecture de cet ouvrage extraordinaire sur toutes les épidémies et les joyeux virus que nous côtoyons (en anglais), Spillover de David Quammen. Voici le lien pour le commander en e-book ou livre papier.

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- (30 mai 2020) Une très jolie publication sur un autre cas de bateau contaminé, où tout le monde a été testé. Le détail du COVID-19 sur le bateau Ernest Shackleton est précis, et les chercheurs arrivent à la conclusion que le taux de létalité est de 0.8% ! Pas loin des 0.7% estimé pour le Diamond-Princess donc, sachant que sur le bateau Ernest Shackleton, il n'y avait que 217 passagers ! Rassurant à propos de la méthodologie qui a été employée pour le code. Merci pour la publi !

- (30 mai 2020) "Depuis le 13 mai 2020, le système SI-DEP (système d’information de dépistage) permet une estimation des nombres de cas confirmés en France à visée exhaustive. Les cas confirmés grâce au système SI-DEP sont pris en compte pour la première fois dans le total du nombre de cas du 28 mai 2020 qui sera désormais actualisé avec ce nouveau système de surveillance. L'excès de cas de +3,325 par rapport aux données du 27/05/2020 est lié à une meilleure exhaustivité de la surveillance et non pas à une évolution de la situation épidémiologique du COVID-19 en France. " Merci pour l'info. Au moins c'est clair.

- (30 mai 2020) L'immunité croisée, un sujet important vu son potentiel pour réduire le seuil d'immunité à partir duquel l'épidémie de COVID-19 s'arrêterait naturellement. Lire l'article ici.

- (30 mai 2020) Les pré-publications sont à la fois une bonne idée, mais un véritable fléau, car des travaux peuvent avoir un écho dans les médias avant d'avoir été validés. Personnellement, comme chercheur, je n'y suis pas favorable. Où alors, seuls les chercheurs doivent y avoir accès. Lire l'article ici.

- (30 mai 2020) Retour de flamme sur la fameuse hydroxy-chloroquine à propos de l'article paru dans la revue The Lancet qui suscite de nombreux doutes quant à la méthode. Il faut continuer à approfondir le sujet, même si toutes les publications convergent vers une non-efficacité. Il faudra être patient. Lire l'article ici.

- (30 mai 2020) Le marché de Wuhan ne serait pas finalement l'épicentre du COVID-19. Lire l'article ici.

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- (31 mai 2020) Encore et toujours la chloroquine ! Pour le coup, une annonce du CEA ! Lire ici le contenu pas très favorable...

- (31 mai 2020) Le vaccin BCG protège-t-il contre la Covid-19 ? Quelques réflexions intéressantes d'un directeur de recherches à l'INSERM

- (31 mai 2020) Un lien très riche sur la COVID-19 à Sao Paulo au Brésil. On constate bien l'évolution de l'épidémie qui reste toujours très forte. C'est pire pour le Brésil dans son ensemble. Au début de l'épidémie, le temps de doublement est proche de deux jours. Une analyse sur 18 pays donne dans la phase initiale 2.6 jours (voir rubrique analyses statistiques) Maintenant c'est bien plus faible, de l'ordre de 15-20 jours, et donc le R0 est inférieur à 1. Il n'en demeure pas moins que la situation reste très préoccupante. Merci pour le lien !

- (31 mai 2020) Derrière les graphiques que j'actualise tous les jours, on finit peut-être par oublier que ce sont des vies brisées par la maladie et la mort, des souffrances. La logique implacable des nombres ne pourra jamais quantifier les émotions, les peines et les joies. Au Brésil, chaque jour la tragédie prend de l'ampleur. Alors qu'on se focalise sur le président Bolsonaro qui prend la COVID-19 pour une gripette, des gouverneurs, bien plus avisés ont agi, et même très tôt ! A Sao Paulo notamment, une mégalopole ayant toutes les caractéristiques pour que le problème épidémique soit explosif sur place. Fin février, une équipe d'experts ont analysé ce qui avait été fait ailleurs, pour ne pas reproduire les mêmes erreurs. L'état de Sao Paulo a été placé pendant 70 jours en quarantaine, et sept hôpitaux de campagne ont été construits. La quarantaine a effectivement ralenti la propagation du virus, et a aussi rassuré la population qui s'est sentie protégée et suivie, et même si la tension reste forte, la saturation des hôpitaux à Sao Paulo n'est pas atteinte bien heureusement. Mais, il y a un gros mais ! une personne avec qui j'ai le grand plaisir quasi-quotidien d'échanger sur la COVID-19 et dont le regard avisé a bien contribué à améliorer le site m'a transmis très aimablement ce message d'une de ses amies sur place, une personne consciente des risques sanitaires. Un tel message émouvant en dit plus long que beaucoup de suites de chiffres sur la réalité humaine de cette pandémie qu'il ne faut pas prendre à la légère. Merci de m'avoir permis de le reproduire ici.

"..., comme tu le sais, notre peuple est indiscipliné et ignorant, n'a pas compris la gravité de la situation et n'a pas respecté le confinement comme il l'aurait du. Je sais que beaucoup vont dire qu'ils sont allés travailler car ils avaient besoin de ça pour gagner de l'argent, pour manger. Mais ce que nous avons vu est que beaucoup de gens ont reçu les aides financières et ont continué à faire la fête, fumer les cigares et boire la bière.
Il est compréhensible que certains ont besoin d'argent pour vivre mais le gouverneur a trop vite libéré la parole pour que la lumière réapparaisse (expression brésilienne).
Il est certain que nous sommes tous fatigués de rester à la maison et en même temps, nous avons un président qui nous parle d'une gripette, que l'économie doit redémarrer et regarde la photo de lui à Brasilia ce jour ! On devrait tous porter des masques et respecter une distance ??? la population aimerait retourner aux bars et restaurants et suivre le discours du président.
Comme tu l'as expliqué, l'état de Sao Paulo s'est organisé et préparé de façon à contrôler le virus et nous ne sommes plus l'épicentre du Bresil, mais... nous sommes maintenant dans la pire phase car le virus se répand dans les favelas et la péripherie, et là, il n y a pas de confinement... Les gens se pointent à l'hôpital dans un état avancé de la maladie avec une santé initiale qui n'a rien de bon. Très souvent, ils ont déjà du diabète et de l'hypertension, mais ils ne le savaient pas. Trois personnes de la même famille se pointent à l'hôpital.
Et le problème ne va qu'augmenter....
Nous sommes tous à la limite et nous ne supportons plus d'être confinés et la pression économique sur le gouverneur est maintenant gigantesque.
Le reste du Brésil et particulièrement le Nordeste (où il y a Fortaleza) et le Nord vont être un spectacle des horreurs. Nous voyons déjà les images de gens qui viennent mourir aux portes de l'hôpital qui reste les portes fermées car ils n'ont plus de lits disponibles, les familles qui pleurent de désepoir, bref une tragédie.
J'ai personellement essayé de rester confinée au maximum, je ne sors que pour acheter de la nourriture et des médicaments. Aujourd’hui, j'ai pour la première fois, en 70 jours, pris mon vélo pour aller à la boulangerie, quelle joie ! Je m'enterre dans mes livres ce qui me permet d'oublier un peu tout ça et cela aide le temps à passer...."

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