Yves Savoye-Peysson

- (1er Février 2022) Le "sous-variant" d'Omicron est plus contagieux que l'original, selon une étude. Lire l'article ici.

- (1er Février 2022) Faut-il vraiment un vaccin contre Omicron? Lire l'article ici.

- (1er Février 2022) Ce que nous pouvons apprendre de la fin de la pandémie de 1918. Lire l'article ici. Merci pour le lien !

- (1er Février 2022) De nouvelles simulations ont été effectuées hier sans changer les paramètres. On constate qu'Omicron n'a aucun impact sur les décès quotidiens et le nombre de personnes en soins intensifs, comme attendu, alors que le pic des contaminations par Omicron (et ses variants) est souvent passé. L'épidémie d'Omicron, qui ré-infecte des personnes vaccinées ou infectées par le variant Delta (et ses parents) est donc bien une épidémie dans l'épidémie. C'est la raison pour laquelle elle n'a pas été considérée dans les calculs, l'impact du variant Delta restant encore bien réel, mais déclinant grâce aux vaccinations. Dans certains pays comme le Brésil, le Mexique, où les services de santé ne sont pas aussi avancés que dans les pays occidentaux, ou même asiatiques, on constate une hausse de la mortalité bien corrélée avec les contaminations par Omicron. Le seuil de létalité est cependant entre 7 et 10 fois plus faible qu'avec le variant Delta. C'est l'effet de la très grande contagiosité qui permet de voir cette hausse des décès. Elle devrait s'estomper rapidement. A noter, que le retard de 20-30 jours entre contaminations et décès pour le variant Delta et ses prédécesseurs semble plus court pour Omicron. Avec ces résultats, qui montrent une très grande résilience des paramètres de simulation, on confirme plus choses concernant l'épidémie : 1) une fois disparu, Omicron ne laissera pas de traces 2) il est probable que le variant Delta en déclin grâce à la vaccination reprenne progressivement le dessus, surtout si l'immunité vaccinale faiblit. A ce sujet, il semble qu'après la 3ème injection, l'immunité acquise perdure à un haut niveau ce qui serait une très bonne nouvelle. 3) on rentre dans une période calme pour les pays à fort niveau de vaccination et proche de l'immunité collective théorique , qui va perdurer jusqu'à fin mai. Après, tout est fonction de l'évolution de l'immunité de la population. Si celle-ci reste élevée, l'épidémie restera à bas niveau. Si elle faiblit, elle repartira. Evidemment, si aucun nouveau variant de la branche Delta n'émerge entre temps. Prochaines simulations à la fin du mois de février.

Impact des variants Omicron et Delta

- (2 Février 2022) Désinfox. Dénonçant l'inefficacité des vaccins contre le Covid-19, Didier Raoult démontre le contraire. Lire l'article ici.

- (2 Février 2022) Covid-19: Olivier Véran juge "possible" qu'il y ait une dose de rappel à l'automne. Lire l'article ici.

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- (3 Février 2022) Coronavirus : Quel impact la levée des restrictions risque-t-elle d’avoir sur l’épidémie ? Lire l'article ici.

- (3 Février 2022) Pass vaccinal: Véran annonce qu'"une injection équivaut à une infection". Lire l'article ici.

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- (4 Février 2022) Covid-19 : pourquoi Israël, le "pays de la 4e dose", enregistre un record de décès ? Lire l'article ici.

- (4 Février 2022) Omicron est moins virulent, alors pourquoi le nombre de décès est-il toujours élevé ? Lire l'article ici.

- (4 Février 2022) Pour les cellules T, Omicron n'est rien d'inhabituel. Lire l'article ici. Merci pour le lien !

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- (5 Février 2022) Bons baisers d’Omicron : quelles nouvelles de ce variant très atypique ? Enfin une étude détaillée sur Omicron. Lire l'article ici.

- (5 Février 2022) Coronavirus: Les Etats-Unis dépassent les 900.000 morts. Lire l'article ici.

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- (6 Février 2022) Coronavirus : Le gouvernement change de stratégie pour vivre avec le Covid-19, mais sommes-nous prêts ? Lire l'article ici.

- (6 Février 2022) Covid : les bénéfices de la vitamine D contre le virus enfin prouvés par des chercheurs israéliens. Lire l'article ici.

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- (7 Février 2022) Omicron infecte différemment les enfants: les premières pistes pour expliquer la hausse des hospitalisations pédiatriques. Lire l'article ici.

- (7 Février 2022) COVID-19 et maladies vasculaires. Lire l'article ici. Merci pour le lien !

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- (8 Février 2022) Records de cas graves en Israël depuis le début de la pandémie : comment expliquer ce chiffre? Intéressant. Lire l'article ici.

- (8 Février 2022) Un cerf de New York infecté par Omicron, selon une étude. Lire l'article ici. Merci pour le lien !

- (8 Février 2022) Le rappel omicron de Moderna n'était aussi bon que le vaccin actuel dans une étude sur le singe. Complexe la question de l'immunité ! Lire l'article ici. Merci pour le lien !

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- (9 Février 2022) Omicron: baisse spectaculaire de -50% des contaminations ce mardi soir. Prévisible d'après la dynamique en Afrique du Sud Lire l'article ici.

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- (10 Février 2022) Coronavirus : Le variant Omicron échappe beaucoup plus à la vaccination que Delta et Alpha. Lire l'article ici.

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- (11 Février 2022) 500 000 morts depuis Omicron, la fin du passe vaccinal "fin mars" ? Le point sur la pandémie. Lire l'article ici.

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- (12 Février 2022) Le Bemnifosbuvir (AT-527) stoppe la réplication du SARS-CoV-2 en ciblant simultanément deux sites actifs. Lire l'article ici. Merci pour le lien !

- (12 Février 2022) Une infection au Covid-19 favoriserait les maladies cardiovasculaires. Lire l'article ici.

- (12 Février 2022) Covid : "il vaut mieux être infecté naturellement qu'être vacciné", assure le Pr Éric Caumes. Lire l'article ici.

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- (13 Février 2022) Je ne me suis jamais sentie aussi mal ': les personnes souffrant du covid long ont du mal à faire de l'exercice. Lire l'article ici. Merci pour le lien !

Evolution de la dangerosité du SARS-CoV-2 avec le temps. Merci pour l'image !

- (13 Février 2022) Omicron - variant BA.2 : "Si vous êtes avec quelqu'un dans une pièce qui a le virus, vous l'aurez", prévient l'OMS. Lire l'article ici.

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- (14 Février 2022) Ce que l’on sait sur le premier cas du variant Deltacron détecté au Royaume-Uni. Lire l'article ici.

- (14 Février 2022) Covid-19 : l'immunité au virus est-elle plus efficace après un vaccin ou une infection ? Des calculs et de la comparaison entre pays, l'immunité par infection semble bien plus robuste. Mais il faut parler de variants proches. Omicron est par exemple trop différent et donc peut être considéré comme une épidémie à part. Lire l'article ici.

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- (15 Février 2022) Covid-19 : Les hospitalisations et les contaminations continuent leur baisse. Lire l'article ici.

- (15 Février 2022) Covid-19 : la dose de rappel du vaccin moins efficace avec le temps. C'est un des points les plus importants pour l'avenir de la pandémie et le risque de reprise des contaminations. Lire l'article ici.

- (15 Février 2022) Un coronavirus non découvert? Le mystère de la «grippe russe». Lire l'article ici. Merci pourle lien !

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- (16 Février 2022) Confiné depuis plus d'un an, un homme a été testé positif 78 fois au Covid-19. Lire l'article ici.

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- (17 Février 2022) Pasteur avait vu juste pour la 5e vague de Covid, voici ses prédictions pour la suite. Lire l'article ici.

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- (18 Février 2022) Covid-19: "On est au début d'une nouvelle ère", estime le président du Conseil scientifique Jean-François Delfraissy. Lire l'article ici.

- (18 Février 2022) Covid-19 : Israël annonce la «fin» du passe sanitaire dont il était l'un des pionniers. Lire l'article ici.

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- (19 Février 2022) Omicron: la part du variant BA2 augmente en France alors que des signes de sévérité accrue sont mis en lumière. Lire l'article ici.

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- (20 Février 2022) Covid-19: avec Omicron, les réinfections ont explosé en France. C'est ce qui a toujours été défendu ici. Lire l'article ici.

- (20 Février 2022) Pendant combien de temps la Covid épuise-t-elle le corps? Lire l'article ici. Merci pour le lien !

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- (21 Février 2022) "La vague Omicron s'effondre" : Olivier Véran toujours optimiste pour une fin du masque à l'intérieur à la mi-mars. Lire l'article ici.

- (21 Février 2022) La reine d'Angleterre Elizabeth II atteinte par Omicron. Lire l'article ici.

- (21 Février 2022) Variant BA2: Pourquoi les décès sont toujours en hausse au Danemark, trois semaines après la fin des restrictions? Lire l'article ici.

- (21 Février 2022) Un des aspects les plus frappants depuis la vague Omicron est la baisse régulière du nombre de personnes atteintes de la COVID-19 en soins intensifs, alors que le nombre de décès associés de la même maladie augmente notablement dans les hôpitaux. Où les gens peuvent-ils donc mourir alors et de quoi ? J'avais noté cette anomalie, sans l'expliquer. L'article précédent relatant ce qui se passe au Danemark, et qui se déroule également en France, permet de lever le voile sur cette contradiction qui résulte en fait d'un problème de comptabilité. En effet, quand un malade atteint de Omicron (souvent avec de faibles symptômes par rapport aux variants précédents) rentre à l'hôpital pour des raisons médicales graves, mais indépendantes d'Omicron, et qu'il décède, il est comptabilisé comme mort de la Covid-19 !! On comprend alors, vu la très grande contagiosité d'Omicron, pourquoi le nombre de morts par Covid-19 augmente presque proportionnellement à celui du nombre de cas, et n'ait aucun lien avec l'évolution du nombre de personnes en soins intensifs. Outre le fait qu'avec Omicron, les poumons ne sont pas atteints, ce qui réduit très fortement les cas graves et le besoin de réanimation, on ne meure presque pas d'Omicron. C'est essentiellement la mortalité naturelle de gens contaminés. Toute cela confirme donc parfaitement le choix ici ne ne pas considérer la vague Omicron dans les calculs, car 1) Omicron réinfecte massivement, ce qui a été très largement observé, et donc est une épidémie dans l'épidémie, car ni les infections par les variants précédents ni les vaccinations ne protègent, 2) la comptabilité des décès par Omicron est fausse tout simplement. Omicron n'est pas un variant dangereux, quoiqu'on en dise, car si tel avait été le cas, le nombre de morts aurait explosé, mais aussi nécessairement le nombre de personnes en soins intensifs (pas forcément de la réanimation ou de la ventilation). Une fois de plus, on voit bien que l'analyse fine multi-pays, permet de mieux comprendre les observations, et de souligner que les séries temporelles doivent garder leur cohérence avec le temps. Quand on dit : est mort de la Covid-19 ne veut pas dire est mort en ayant la Covid-19. Ce qui apparait comme une nuance n'en est pas une. Cette question avait déjà été soulevée depuis longtemps, mais la corrélation entre malades en soins intensifs et décès permettait de conclure sur la cause, i.e. la Covid-19, même si les comorbidité et surtout l'âge avaient un impact sous-jacent certain. Pour Omicron, l'absence de corrélation entre ces deux séres temporelles démontre que l'anomalie des décès a une cause externe liée à une question de définition... Omicron ne protège pas de Delta et vice-versa. Les prochaines semaines verront peut-être l'émergence d'un nouveau variant issu d'Omicron (comme le BA.2) ou la résurgence de Delta, liée à la baisse de l'immunité vaccinale. Il est certainement prématuré de considérer que les épidémies de Covid-19 et d'Omicron sont terminées. Les prochaines semaines vont être très intéressantes à ce sujet.

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- (22 Février 2022) Covid : on en sait plus sur la durée d'efficacité de la 3e dose de vaccin. Important car cela va conditionner le retour probablement du variant Delta au printemps. Lire l'article ici.

- (22 Février 2022) Covid : les vaccins à ARN messager protègent 17 fois plus que l'immunité naturelle obtenue avec une infection, révèle une étude. Lire l'article ici.

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- (23 Février 2022) Covid-19 : le nombre de réinfections a explosé en France depuis décembre. Lire l'article ici.

- (23 Février 2022) Cinq mois après le covid, le rythme cardiaque de Nicole Murphy fait toujours des choses étranges. Lire l'article ici. Merci pour le lien !

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- (24 Février 2022) Covid: Ces dégâts causés par Omicron sur les testicules. Aïe, aïe ! Lire l'article ici.

- (24 Février 2022) Covid : y a-t-il plus de risques de naissance prématurée chez les femmes non-vaccinées comme le dit Véran ? Lire l'article ici.

- (24 Février 2022) Omicron: BA2 H78Y, un sous-variant du sous-variant BA2 qui interroge. Lire l'article ici.

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- (25 Février 2022) Pr Antoine Flahault : "Nos pays devraient adopter une stratégie 'zéro mort du Covid'". Lire l'article ici.

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- (26 Février 2022) Véran recadre Wonner: les "délires complotistes" sur les vaccins "n'ont pas leur place" à l'Assemblée. Lire l'article ici.

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- (27 Février 2022) Covid-19 : deux nouvelles études précisent un peu plus l'origine de la pandémie. Lire l'article ici.

- (27 Février 2022) Covid-19: qui sont les 20 000 morts de la cinquième vague? Lire l'article ici.

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- (28 Février 2022) Voilà un peu plus de deux ans que j'ai commencé à suivre l'épidémie de la COVID-19, d'abord pour comprendre, ensuite prendre des décisions tant personnelles que professionnelles, et suivre aussi la cohérence de ce qui était dit par les responsables politiques, scientifiques dans les médias. Ces travaux m'ont fait décrouvrir un domaine passionnant ! Avec une approche délibérément simple, l'outil de calcul que j'ai développé m'a permis d'anticiper de nombreux événements, de mieux les comprendre, et d'interpréter les observations. Il a fallu gérer la question délicate de la létalité de la COVID-19, car elle n'était pas accessible directement depuis les séries temporelles disponibles, intégrer l'effet des vaccins et de la perte naturelle d'immunité. Le code a évolué au gré de la connaissance qui s'améliorait, tout en gardant sa simplicité. Ce choix d'une approche avec le minimum de paramètres libres pour décrire la COVID-19 a été très efficace, et très souvent, les résultats obtenus totalement indépendamment ont été confirmés par les faits et d'autres analyses de grands instituts ! Le choix des pays, aidé par des personnes que je remercie chaleureusement ici a permis de faire des analyses croisées très instructives, comme à Manaus au Brésil. L'objectif était de tenter de savoir si on pouvait prédire la fin de l'épidémie sur la base d'une hypothétique immunité collective. L'analyse a montré qu'elle existe bel et bien, avec une belle cohérence avec le nombre de reproduction R0 estimé à partir des évolutions temporelles, bien plus élevé que celui annoncé en boucle. Sur deux années, on a pu voir la montée progressive du nombre de personnes infectées, et fait l'hypothèse que l'immunité acquise par infection était longue. Cette hypothèse était la bonne comme en atteste ce qui s'est passé par exemple au Brésil. La vaccination a accéléré le processus pour s'approcher de cette immunité collective, mais malheureusement, cette immunité était de durée limitée. Cet aspect crucial n'avait pas été pris en compte au début de l'automne 2021, ce qui fait que le code n'a pu prédire le retour de la maladie à cette époque. Une fois cet effet intégré dans les calculs, l'outil a permis de comprendre la dynamique épidémique et le retour des infections, amplifié certainement par les conditions hivernales, mais aussi la baisse fin décembre des infections par le varaint Delta, très visible sur le nombre de personnes en soins intensifs et le nomre de décès quotidiens vers mi-janvier. Fin décembre, l'arrivée du variant Omicron n'a pas bouleversé les prédictions concernant le variant Delta, car ses caractéristiques faisaient de lui un virus très différent conduisant à une forme de la maladie très distincte de la COVID-19 : les bronches ne sont pas touchées et la dangerosité bien moindre avec une mortalité considérablement plus faible. La seule différence est sa contagiosité accrue, et surtout un réservoir humain quasi-vierge, comme au début de la COVID-19 en février 2022. En effet, par ses différences moléculaires, Omicron peut infecter des personnes vaccinées ou déjà infectées par Delta ou les variants antérieurs (très voisins sur le plan biochimique) ce qui m'a fait écrire qu'il s'agit d'une épidémie dans l'épidémie, comme avoir la grippe et la COVID-19 en même temps. L'un ne protège pas de l'autre et vice-versa. Dans ces conditions, Omicron n'a pas été pris en compte, et ce fut justifié, d'autant que la plupart des décès comptabilisés COVID avec Omicron ne sont pas la conséquence d'Omicron, mais résultent de personnes décédées de causes externes, tout en étant contaminées. Sur ces bases, le variant Delta, dangereux et très contagieux n'a pas totalement disparu même si son niveau actuel est devenu très bas. Son développement peut reprendre si l'immunité collective baisse de nouveau comme à l'automne 2021. Delta est bloqué actuellement grâce à la 3ème injection qui a été menée tambour battant et a permis de restaurer l'imunité collective à un niveau proche de la valeur théorique. A partir de là, il n'est pas exclu que l'épidémie reparte à la fin du printemps ou cet été. Mais elle ne devrait pas être forte, car de nombreuses personnes sont déjà largement protégées, et l'effet cumulé des injections vaccinales devrait renforcer de plus en plus les personnes face au variant Delta (immunité cellulaire). Dans ce contexte, je garde une veille, mais les simulations vont s'arrêter aujourd'hui, mais resteront en ligne. Selon les besoins, elles pourront être actualisées. Il faut pour cela qu'Omicron et ses variants s'effacent du jeu épidémique. En attendant, je renouvelle mes remerciements à tous ceux qui m'ont suivi et aidé. J'espère leur avoir apporté un peu d'éclairage objectif sur cette pandémie exceptionnelle, et montré qu'avec une approche simple, il était possible d'avoir une vision cohérente de celle-ci, et donc de formuler un réel espir de sortie de crise.

Pour illustrer les dernières performances du code et la validité du choix de na pas considérer Omicron dans les calculs, je donne les séries temporelles pour la France et l'évolution du R(t) au Québec. Accord remarquable sans avoir changé un paramètre depuis décembre !

- (28 Février 2022) Le marché Huanan était l'épicentre de l'émergence SARS-COV-2. Un retour aux sources ! Lire l'article ici. Merci pour le lien !

- (28 Février 2022) L'émergence du SARS-COV-2 résulte probablement d'au moins deux événements zoonotiques. Lire l'article ici. Merci pour le lien !

- (28 Février 2022) Occurrence et importance de l'infection Omicron BA.1 suivie de la réinfection BA.2. Lire l'article ici. Merci pour le lien !

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