Yves Savoye-Peysson

- (24 mars 2020) Sur la base des pentes initiales du nombre de cas cumulés, le taux de reproduction de base R0 moyen (10 pays) de l'épidémie est estimé à 3.0 environ (en prenant 4 jours d'incubation, voir la note de calcul). C'est à peut près 2 fois celui de la grippe saisonnière ou de la grippe espagnole de 1918, et trois à quatre fois moins que la rougeole. L'Italie semble avoir taux de reproduction de base R0 proche de la rougeole, une anomalie qui expliquerait la virulence initiale de l'épidémie. A noter que la détermination de R0 est délicate, et sujette à de nombreuses discussions. Voir références à ce sujet dans la note. Du facteur R0, il est possible de calculer la fraction de la population qui doit être immunisée (par infection ou par vaccin) pour que l'épidémie ne puisse plus repartir.

- (24 mars 2020) L'épidémie en Corée du Sud n'est toujours pas contenue. Cela fait maintenant 8 jours que c'est le cas. C'est faible mais visible sur le nombre cas et le nombre de décès (voir la note). Cela illustre la fragilité de la rémission de l'épidémie. Les Chinois font fassent également à un retour de cas venant de l'étranger. Cela limite la chute du taux de cas certifiés, et souligne la nécessité d'une quarantaine aux frontières.

- (24 mars 2020) L'épidémie en Italie continue toujours à montrer des signes significatifs d'amélioration, même si le nombre de cas est et restera très élevé pendant trois semaines environ. Selon la variation temporelle du nombre de décès, le pic de l'épidémie serait vers le 31 mars (jour 39), l'épidémie durera plus de 120 jours (limites de la simulation pour l'instant) et fera plus de 53000 décès. Le délai entre le début de la quarantaine et le pic serait de 17 jours, soit un peu plus de deux semaines. Pour réduire la durée de l'épidémie et le nombre de décès, le facteur résiduel de contamination doit être encore diminué au moins d'un facteur 2, donc un confinement plus strict, comme les chinois l'ont fait.

- (24 mars 2020) En Iran, les chifres sont difficiles à interpréter, mais il semble effectivement qu'il y ait comme en Italie des signes nets d'amélioration même si le nombre de cas est et restera très élevé pendant trois semaines environ. Selon la variation temporelle du nombre de décès, le pic de l'épidémie serait là, vers le 25 mars (jour 34). Si c'est bien effectif, il n'y aura que 3500 décès à déplorer en fin d'épidémie.

- (24 mars 2020) L'épidémie continuer de flamber en Allemagne, Québec, Royaume-Uni (montée très forte), Espagne (montée toujours très forte), Suisse, et aux Etats-Unis (montée très forte) et ailleurs, sauf au Japon et Taiwan.

- (24 mars 2020) Le conseil scientifique français recommande un confinement de 6 semaines minimum !!! Ce n'est pas une surprise : plus de deux mois à Wuhan.... Donc il faut se préparer à sortir du confinement fin mai... C'est indiqué depuis plusieurs jours dans la note de calculs.

- (24 mars 2020) Le conseil scientifique français recommande désormais plus de tests, c'est bien. Ce sera surtout utile pour tenir le retour à la normale en fin de confinement. Là phase de sortie va être très délicate, et se fera nécessairement par région. Certaines resteront confinées, d'autres en sortiront. Cela nécessitera un bouclage du pays très efficace.

- (25 mars 2020) Premiers signes positives pour l'Espagne. Le pic de l'épidémie serait vers le 10 avril. Grosse incertitide encore.

- (26 mars 2020) Mauvaise nouvelle pour l'Espagne. Les chiffres ont été actualisés sur les bases de données et plus aucune signe d'un pic épidémique proche. Patience !

- (26 mars 2020) Confirmation de l'approche du pic épidémique pour l'Italie. D'ici la fin du mois ! On est heureux pour eux même si chaque jour est toujours terrible.

- (26 mars 2020) Evolution très étrange pour le Royaume-Uni. A confirmer.

- (26 mars 2020) Tracé des évolutions des taux de létalité des pays étudiés. Une variation d'un facteur 100 d'un pays à l'autre et avec le temps pour un même pays qui montre combien ce nombre est incertain. Seul le cas du paquebot Diamond-Princess est valable (0.7%) même si la statistique est faible (voit note). C'est la base du scenario "bas taux de létalité"

- (26 mars 2020) La Chine et la Corée du Sud, les plus avancés dans le contrôle de l'épidémie font face à un vrai problème : le nombre de cas de contamination reste depuis presque une semaine à 100/jour... Autant que la vigilance absolue est de base. Car l'épidémie peut redémarrer à tout instant sans action forte. La sortie de notre confinement sera très délicate et nécessitera de la faire par région, avec un verrouillage complet des régions où il reste des cas afin que les régions libérées puissent redémarrer sur le plan économique, et un suivi avec les smartphones comme en Corée du Sud pour les personnes touchées et les proches. Pas simple...

- (26 mars 2020) Pour que vous puissiez faire votre jugement vous-même sur le travail de l'équipe du Pr. Raoult de l'IHU de Marseille concernant la fameuse hydroxy-chloroquine. Cliquez ici pour télécharger la publication dans la revue scientifique avec referee : International Journal of Antimicrobial Agents.

- (26 mars 2020) Les chiffres sont toujours aussi mauvais pour la France. Pas de signes annonciateurs de la prochaine arrivée du pic épidémique lié au confinement. Il faut encore attendre...

- (27 mars 2020) La Chine et la Coréee du Sud font toujours face à un taux de contamination qui ne baisse pas. Pour lutter contre cette difficulté, la Chine décide de fermer ses frontières le 28 mars.

- (27 mars 2020) Stabilisation confirmée pour l'Iran. Aucun changement notable d'un jour à l'autre concernant l'évolution de l'épidémie pour les pays suivants : Allemagne, Espagne, Etats-Unis, Québec (Canada), Royaume-Uni et Suisse

- (27 mars 2020) La Suède fait partie des pays dont l'épidémie est suivie. Evolution très bizarre du nombre de cas certifiés, qui ontre la fragilité de ce nombre....

- (27 mars 2020) Saut brutal du nombre de cas au Québec entre les 23 et 24 mars.

- (27 mars 2020) Lien vers un site intéressant sur l'efficacité du filtrage dans les aéroports. Publication accessible sur le sujet.

- (27 mars 2020) Lien vers la carte interactive du nombre d'hospitalisations en France.

- (27 mars 2020) Lien vers l'article de BFMTV sur le fait que le pic épidémique en Italie est maintenant proche, comme annoncé par les autorités. Pour info, le modèle ici présenté avait alerté sur l'arrivée prochaine du pic le 20 mars dernier ! Le 21 mars, il était prévu pour le 4 avril, puis au fur et à mesure des nouveaux résultats, les estimations ont été affinées, et il est désormais estimé vers début avril. Evidemment ce ne sont que des estimations, mais elles montrent la bonne qualité prévisionnelle du modèle sur la base de la variation temporelle. Si cette tendance est bien confirmée, et qu'il n'y a pas de rechute, l'épidémie devrait provoquer au total entre 20000 et 25000 décès.

- (27 mars 2020) Les résultats pour l'Italie sont très encourageants et totalement en ligne avec les prévisions. On est presque sur le pic de l'épidémie. Encore deux ou trois jours, et puis la décrue va commencer. Mais l'effort devoir être poursuivi sans faille. Pas de signe encore probant pour l'Espagne, malheureusement.

- (28 mars 2020) Comparaison des évolutions des nombres cumulés de décès (seul chiffre dont l'évolution temporelle est assez fiable). Deux pays ont passé le pic de l'épidémie (Chine, Corée du Sud), deux s'en approchent (Italie, Iran). Tous les autres pays étudiés (Allemagne, Espagne, Etats-Unis, France, Québec (Canada), Royaume-Uni, Suède, Suisse) sont actuellement en phase ascendante rapide de l'épidémie. Chose intéressante, la loi exponentielle en puissance de 2 est proche pour tous les pays : doublement des cas tous les 2.74 ± 0.52 jour. Cela montre la cohérence des données d'un pays à l'autre, même si les procédures statistiques diffèrent et que les taux de létalité sont donc extrêmement distincts. Cela valide l'approche méthodologique dans la note quant à l'emploi du nombre de dècès pour analyser les données et identifier l'arrivée d'un possible pic épidémique (par confinement ou immunité collective). Les courbes correspondantes sont indiquées ci-dessous et discutée dans la note. A noter que même si l'épidémie en Italie semble avoir été foudroyante, le temps de doublement des décès est comparable à ceux des autres pays, aux barres d'erreur près (seul les 8 premiers jours sont considérés, comme pour la Chine, la Corée du Sud, et l'Iran, afin de ne pas prendre en compte le ralentissement de l'épidémie par des mesures de confinement, tout en ayant une bonne statistique).

- (28 mars 2020) Toujours des cas de contamination qui ne baissent pas en Chine et Coréee du Sud. Un vrai problème pour sortir du confinement. Le risque de redémarrage de l'épidémie reste très élevé.

- (28 mars 2020) Précision qui m'a été fournie ce matin par un québecois, que je remercie ici chaleureusement, sur le saut observé sur les données des cas certifiés (voir la courbe plus vas) : le bon du 23-24 mars est principalement dû au fait que le taux de tests a énormément évolué dans les jours qui ont précédé avec notamment un centre de dépistage gratuit et accessible en plein centre de Montréal, de fait le principal foyer de la maladie ce jour. Ce centre ambulant permet de tester environ 2000 personnes quotidiennement. En outre, il semble que la capacité journalière de tests est désormais (28 mars) d'environ 5000-10000 pour l'ensemble de la province avec un nombre d'environ 30 000 personnes testées en date du 25 mars. En ramenant ce chiffre à la population de la province, le taux de tests est élevé par rapport à beaucoup de pays (entre autres en Europe), ainsi que le taux de détection. Concernant les vacances, il semble erroné de penser qu'elles soient le seul facteur à l'origine de cette hausse observée car celles-ci se sont déroulées du 2 au 6 mars pour la grande majorité des écoles : on est donc loin de la période d'incubation constatée généralement pour un impact aussi tardif sur les chiffres. À contrario, la mesure de rapatriement des canadiens a pu par contre jouer un rôle car les "snow birds", (retraités qui passent l'hiver en Floride ou dans d'autres états du sud), rentrent depuis 2 semaines au compte goutte, suite à l'injonction du pouvoir fédéral. Cette population nombreuse (plusieurs centaines de milliers) est depuis peu contrainte légalement au confinement de 14 jours mais il y a de nombreux cas constatés d'indiscipline et de non-respect des consignes de la part de cette population très à risques et qui ne subit aucun test à la frontière. Des foyers ont été localisés dans plusieurs quartiers de Montréal et font l'objet d'enquêtes minutieuses et, depuis leurs découvertes, les tests sont plus nombreux dans ces secteurs. La majorité des personnes décédées le sont dans quelques lieux touchés et sensibles (centre d'hébergement de personnes âgées). Les victimes sont sous réserve de vérification plus âgées que 70 ans. Par ailleurs, le premier ministre F. Legault a parlé aussi le matin du 23 mars d'un changement de méthodologie puisque désormais sont comptabilisés dans les cas déclarés, ceux qui sont fortement soupçonnés d'être infectés et pour lesquels les résultats de tests ne sont pas encore connus. À priori le délai de traitement est géré en fonction de l'urgence et peut atteindre 48h. Il s'agit de la limite de capacité de traitement des données et de réalisation des tests à grande ampleur. Commentaire : cela souligne la complexité de la mesure des cas mesurés de contamination, et le nombre de décès est donc certainement bien plus robuste !

- (28 mars 2020) Un médecin américain aurait traité avec succès plus de 500 patients avec l’hydroxychloroquine. Voir le lien ici. Il faut prendre cette information avec grande précaution, mais si celle-ci est avérée, il s'agirait certainement d'un tournant majeur pour le gestion du COVID-19.

- (28 mars 2020) Nouvelle publication (brouillon) de l'équipe du Pr. Raoult, de l'IHU de Marseille. Celle-ci n'a pas encore été publiée, et il n'y a pas de groupe test. A prendre donc avec les réserves d'usage, compte-tenu du contexte polémique de l'affaire. Cliquez ici.

- (28 mars 2020) L'Italie a très probablement atteint le pic de l'épidémie, même un peu plus tôy que prévu depuis 7j ce qui est une bonne nouvelle. Evidemment, le nombre journalier de décès est terrible, mais c'est justement le pic ! Il faut s'attendre à une lente amélioration dans les prochains jours, et le nombre total de décès pourrait même être encore plus bas que prévu.

- (28 mars 2020) L'Iran est en plein pic de l'épidémie. Difficile de savoir si le pays est déj dans la phase descendante. Si c'est le cas, celle-ci semble très lente, ce qui est une mauvaise nouvelle, car le nombre quotidien de décès va rester très élevé pendant de nombreux jours.

- (28 mars 2020) Pour l'Espagne, aucun signe tangible que le pic de l'épidémie se rapproche. Encore des moments très difficiles en vue.

- (28 mars 2020) Sauts anormaux du nombre de décès pour les Etats-Unis et la Suisse. Comptage ou accélération de l'épidémie, difficile de conclure avant plusieurs jours.

- (28 mars 2020) Angleterre, Allemagne, Québec, évolutions conformes aux tendances des jours précédents.

- (28 mars 2020) Le gouvernement français annonce ce soir par la voix du Ministre de la Snaté que les effets du confinement devraient être visibles fin de semaine prochaine pour la France. C'est probable en se basant sur l'expérience italienne, mais aucune code de peut prévoir quoique ce soit sur la date du pic épidémique tant qu'il n'y a pas une inflexion progressive et récurrente du nombre de décès journaliers.

- (28 mars 2020) Toujours rien en vue pour l'épidémie en France ! Si rien ne change, le seuil des 10000 morts vers le 4 avril... et c'est sans compter les personnes en réanimation et la charge des hôpitaux. C'est terrible. Les explications gentilles-gentilles sur le lissage du pic..., certes, mais les spécialistes savaient que le pic serait bien pointu !!!

- (29 mars 2020) Le nombre de cas de décès semble augmenter très fortement en Suisse depuis deux jours. Comptage ou réalité ?

- (29 mars 2020) Le pic de l'épidémie semble bel et bien passé en Iran, mais la descente apparait très lente. Si cette tendance est confirmée, il faudra des mois pour que le pays sorte de l'épidémie, et on déplorera beaucoup de décès.

- (29 mars 2020) Etats-Unis, Suède, Allemagne, Royaume-Uni, Québec: évolutions du nombre de décès dans la ligne attendue. Pas de ralentissement de l'épidémie en vue.

- (29 mars 2020) Premiers signaux probables de ralentissement de l'épidémie en Espagne. A valider.

- (29 mars 2020) Lien officiel mis à jour à 13h lors de la conférence de presse quotidienne du premier ministre du Québec François Legault, du directeur de la santé publique Horacio Arruda et la ministre de la santé Danielle McCann

- (29 mars 2020) L'Italie est bien sur le pic !! Prévu 7522 décès, observé 7503 décès avec les paramètres du 24 mars !! 0.2% d'erreur ! Donc les chiffres sont toujours terribles, mais le pic est là. Maintenant, l va falloir suivre la descente vers l'arrêt de l'épidémie.

- (29 mars 2020) Premiers prémisses favorables pour l'épidémie de COVID-19 en France. Les données sont trop imprécises pour estimer sa date qui serait actuellement pour le 20 avril, mais elle interviendra plus tôt probablement. Chaque jour permettra d'affiner cette date clé.

- (30 mars 2020) Carte interactive de l'épidémie de COVID-19 en France à partir des données de Santé Publique France. Très instructif pour suivre l'évolution locale de l'épidémie.

- (30 mars 2020) Le taux résiduel de cas reste toujours très élevé pour la Chine et la Corée du Sud, de l'ordre de 100/jour. Fait intéressant, le nombre de cas de contamination et le nombre de décès sont stationnaires depuis 15 jours environ en Corée du Sud, et le taux de létalité quotidien est constant, de l'ordre de 7% environ ! On peut s'interroger sur ce chiffre très élevé, 10 fois celui observé auparavant, même si ce chiffre est à prendre avec beaucoup de précaution. Dans tous les cas, cela indique que la sortie de l'épidémie va être très compliquée.

- (30 mars 2020) Etats-Unis, Suède, Allemagne, Royaume-Uni : évolutions du nombre de décès dans la ligne attendue.

- (30 mars 2020) Les chiffres de la Suisse on été complètement repris, car les données sur le site de l'OMS sont parfois très bizarres par rapport à d'autres sources. Ils sont en fait bien plus élevés que ceux indiqués sur le site de l'OMS (parfois avec retard). Ils sont désormais tirés quotidiennement de la base mondiale Git, indiquée en référence dans la note. La tendance est analogue à celle des autres pays, avec un taux de létalité estimé de 2% et non plus de 0.7% comme initialement montré. L'épidémie n'est pas contrôlée en l'état par les mesures gouvernementales.

- (30 mars 2020) Le pic épidémique en Iran semble bel et bien passé, quelque soit le scénario (fort ou faible taux de létalité). La baisse du nombre de décès journalier est très lente, et suivant les deux limites considérées, le nombre total de décès varie encore d'un facteur x2 entre 4500 et 9000 décès. Ce nombre est donc très incertain. L'épidémie durera bien au-delà de juin 2020 avec la dépendence temporelle observée.

- (30 mars 2020) Le pic épidémique en Italie est passé, et les nouveaux chiffres sont parfaitement en ligne par rapport aux prévisions. La phase de descente est désormais engagée.

- (30 mars 2020) Les chiffres de la France ne sont pas bons, et on ne voit pas clairement se dessiner une approche du pic. A noter que dans la presse, le nombre total de cas testés n'est pas diffusé... pas grave car c'est le nombre de décès qui est pris en compte... Il faut espérer que ce n'est pas pour adoucir une réalité plus dure... On verra dans les deux prochains jours la tournure du décompte macabre des décès, et quand une lueur d'espoir pointera.

- (30 mars 2020) Les choses bougent un peu dans le bon sens pour l'Espagne, même s'il est difficile d'estimer quand le pic épidémique va apparaître.

- (31 mars 2020) Sur le site NextStrain.org, il est possble de suivre l'évolution génétique du virus SARS-Cov-2 responsable de l'épidémie de COVID-19. Plusieurs souches circulent, mais aucune n'est plus contagieuse ou dangereuse apparemment. Le virus évolue lentement. L'arbre philogénétique permet de tracer le cheminement du virus. Une chose est certaine: le virus est d'origine naturelle. Merci de m'avoir transmis ce lien !

- (31 mars 2020) Chine et Corée du Sud: toujours des cas résiduels au même niveau qu'auparavant. Il y a plus de décès avec ces cas résiduels que lors du pic de l'épidémie en Corée du Sud !

- (31 mars 2020) Etats-Unis: évolution conforme aux prédictions avec les paramètres de simulation choisis voici quelques jours. La tendance reste sur une augmentation exponentielle du nombre de décès (et du cas de contaminations)

- (31 mars 2020) Suède : la tendance est confirmée pour les décès et le nombre journalier de décès est sur la courbe de prédiction. Problème de comptage probablement. A suivre

- (31 mars 2020) Royaume-Uni : Le nombre journalier de décès est constant depuis trois jours. A suivre quant à la tendance qui pourrait annoncer un certain ralentissement. Les paramètres de simulation restent encore inchangés.

- (31 mars 2020) Québec : aucun nouveau décès depuis 3 jours. Difficile de prédire l'évolution, même si le nombre de cas continue d'augmenter et suit une pente très forte.

- (31 mars 2020) Allemagne : situation inchangée. Les prédictions en accord avec les observations

- (31 mars 2020) Sur le site de la Radio-Télévision-Suisse, toutes les infos et cartes concernant le COVID-19 en Suisse. Un autre lien ici également très utile. Merci de m'avoir transmis ce lien !

- (31 mars 2020) Des nouvelles de l'épidémie au Québec en cliquant ici. Merci de m'avoir transmis ce lien !

- (31 mars 2020) Pour récupérer les données sur l'épidémie de COVID-19 en France, deux liens: le site de santé publique France et celui de data.gouv.fr.

- (31 mars 2020) La France teste beaucoup moins que les autres pays. Cette statistique comparative accessible ici ici avait déjà été mentionnée voici plus de 10j (dans la note). Donc, avec la méthodologie employée, il n'est pas certain du tout que le chiffre cumulé de cas positifs au COVID-19 soit représentatif de la réalité en France. Le nombre de décès (s'ils sont tous testés), est bien plus significatif.

- (31 mars 2020) Une analyse comparée des systèmes de santé européens, au moment où ceux-ci sont très sollicités par le COVID-19, et celui de a France en particulier. Certains préjugés sont à revoir... Cliquez ici.

- (31 mars 2020) Une étude chinoise très intéressante sur l'efficacité de la fameuse hydroxychloroquine, avec un groupe test (enfin !). Certes le nombre de participans reste faible, mais le potentiel de ce médicament dans le traitement de COVID-19 a été partiellement confirmé, selon les dires des chercheurs eux-mêmes. Des études cliniques à grande échelle seront nécessaires pour clarifier les mécanismes spécifiques à cette molécule et optimiser le traitement. Mais les résultats sont encourageants. Pour télécharger le papier qui n'a pas été encore validé à ce jour pour publication dans un journal médical, cliquez ici.

- (31 mars 2020) Espagne : une analyse plus fine sur les derniers résultats définitifs montre que l'on s'oriente effectivement vers un pic épidémique provoqué par le confinement. Il est encore trop tôt pour conclure de la tournure de la situation puisque le pic est prévu pour le ... 2 juin (scenario fort taux de létalité) !!! Mais il interviendra plus tôt, c'est certain. D'ailleurs le scenario faible taux de létalité (0.7%) donne un pic vers le 2 avril !! Cette forte disparité montre combien la prédiction est senseible à ce stade de l'évolution épidémique. On en saura plus demain.

- (31 mars 2020) Coronavirus: quand le système immunitaire s'emballe et aggrave la maladie. A lire ici et ici.

- (31 mars 2020) Des infos circulent sur le nombre réel de décès en Chine, et à Wuhan en particulier. Si l'on prend la létalité brute annuelle en Chine pour 1000 personnes qui est de 7 personnes en 2020, le nombre de décès en deux mois pour une ville de 11 millions d'habitants est donc de 7*65*11e6/1000/365 = 13712 décès en temps normal. Si l'on prend la province de Hubei, 58 millions d'habitants, cela représente au total 72301 décès. Donc, l'épidémie de SARS-cov-2 a fait relativement peu de décès 3200/72301 = 0.04, soit 4% environ. Alors, les chinois mentent-ils sur l'ampleur de l'épidémie ? Pas vraiment, d'autant que le temps de doublement du nombre de décès en début d'épidémie est le même que ceux observés bien après pour tous les autres pays ! (voir figures ci-dessous).

- (31 mars 2020) Italie : le pic est maintenant bel et bien passé et les résultats ne nécessitent pas de modifier les paramètres de simulations. Donc la fin de l'épidémie est estimée au 21 Mai 2020 (90 jours d'épidémie, et le nombre total de décès est toujours estimé à 20000 environ suivant les scénarii.

- (31 mars 2020) France : toujours une forte croissance mais cela ralentit un peu. C'est observable. Il est difficile de prévoir précisement la date du pic actuellement mais elle serait comprise entre le 20 avril et le 4 mai, selon le scénario. Mais les choses vont se préciser avec les jours, et il arrivera certainement bien plus tôt. Bref, il faut tenir et être prêt à avoir des chiffres encore plus dramatiques qu'aujourd'hui malheureusement.